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- PDB-1upx: The crystal structure of the Hybrid Cluster Protein from Desulfov... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1upx
タイトルThe crystal structure of the Hybrid Cluster Protein from Desulfovibrio desulfuricans containing molecules in the oxidized and reduced states.
要素HYDROXYLAMINE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / HYBRID CLUSTER / REDUCED IRON-SULFUR / OXIDIZED IRON-SULFUR
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine reductase / hydroxylamine reductase activity / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #20 / Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #20 / Hydroxylamine reductase / Prismane, alpha-bundle / Rossmann fold - #2030 / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER / FE4-S3 CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Hydroxylamine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Aragao, D. / Macedo, S. / Mitchell, E.P. / Lindley, P.F.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of the Hybrid Cluster Protein (Hcp) from Desulfovibrio Desulfuricans Atcc 27774 Containing Molecules in the Oxidized and Reduced States
著者: Macedo, S. / Aragao, D. / Mitchell, E.P. / Lindley, P.F.
履歴
登録2003年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32020年12月23日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_database_status ...database_PDB_caveat / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42023年3月29日Group: Advisory / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROXYLAMINE REDUCTASE
B: HYDROXYLAMINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,4659
ポリマ－117,1922
非ポリマー2,2737
水30,2111677
1
A: HYDROXYLAMINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6354
ポリマ－58,5961
非ポリマー1,0393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HYDROXYLAMINE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8305
ポリマ－58,5961
非ポリマー1,2344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.300, 61.200, 72.000
Angle α, β, γ (deg.)82.80, 73.70, 87.30
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9807, -0.1955, -0.0081), (-0.1956, -0.9792, -0.0544), (0.0027, 0.055, -0.9985)
ベクター: -43.5791, 45.9457, 30.6063)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HYDROXYLAMINE REDUCTASE / PRISMANE PROTEIN / HYBRID-CLUSTER PROTEIN / HCP


分子量: 58595.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: CUBANE CLUSTER [4FE-4S], HYBRID CLUSTER [4FE-3S], [4FE-3S-3O]
由来: (天然) DESULFOVIBRIO DESULFURICANS (バクテリア)
参照: UniProt: Q01770

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非ポリマー , 5種, 1684分子

#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物 ChemComp-SF3 / FE4-S3 CLUSTER


分子量: 319.575 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S3
#4: 化合物 ChemComp-FSO / IRON/SULFUR/OXYGEN HYBRID CLUSTER


分子量: 367.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4O3S3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1677 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細FUNCTION: CATALYZES REDUCTION OF HYDROXYLAMINE TO NH3 + H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% PEG 8000, 0.1M MES PH6.0, TEMPERATURE 279 KELVIN, pH 6.00
結晶化
*PLUS
温度: 279 K / pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 %PEG80001reservoir
20.1 MMES1reservoirpH6.0
312.6 mg/mlprotein1drop
420 mMTris-HCl1droppH7.6
50.2 M1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月1日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→30 Å / Num. obs: 280898 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 6.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 70
反射
*PLUS
最高解像度: 1.15 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.082
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 70 % / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 1.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E2U

1e2u


解像度: 1.25→27.52 Å / SU B: 0.606 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.042 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.153 2141 1 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs0.14 227130 88.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 8.521 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å2-0.01 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→27.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8222 0 62 1677 9961
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.153 / Rfactor Rwork: 0.14
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.351
X-RAY DIFFRACTIONplane_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONchiral_restr0.147
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.25 Å / 最低解像度: 1.29 Å / Rfactor Rfree: 0.221 / Num. reflection Rfree: 125 / Rfactor Rwork: 0.206 / Num. reflection Rwork: 13493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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