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万見
- PDB-1upc: Carboxyethylarginine synthase from Streptomyces clavuligerus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1upc
タイトルCarboxyethylarginine synthase from Streptomyces clavuligerus
要素CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
キーワードSYNTHASE / CLAVULANIC ACID / ANTIBIOTIC / LACTAMASE / FLAVOPROTEIN / THIAMINE PYROPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


N2-(2-carboxyethyl)arginine synthase / N2-(2-carboxyethyl)arginine synthase activity / acetolactate synthase complex / acetolactate synthase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains ...Thiamine pyrophosphate enzyme / TPP-binding enzyme, conserved site / Thiamine pyrophosphate enzymes signature. / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / N(2)-(2-carboxyethyl)arginine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Caines, M.E.C. / Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure and Mechanistic Implications of N2-(2-Carboxyethyl)Arginine Synthase, the First Enzyme in the Clavulanic Acid Biosynthesis Pathway
著者: Caines, M.E.C. / Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / Schofield, C.J.
履歴
登録2003年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
B: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
C: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
D: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
E: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
F: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,63930
ポリマ－365,7896
非ポリマー3,85024
水15,349852
1
A: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
B: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
C: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
D: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,42620
ポリマ－243,8594
非ポリマー2,56716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
E: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
F: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
ヘテロ分子

E: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
F: CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,42620
ポリマ－243,8594
非ポリマー2,56716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.073, 187.196, 198.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SO4 / End label comp-ID: SO4 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 12 - 603 / Label seq-ID: 12

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - J
2BB - N
3CC - R
4DD - V
5EE - Z
6FF - DA

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.80258, 0.56804, -0.18219), (0.56821, -0.82094, -0.05648), (-0.18165, -0.05819, -0.98164)-18.96071, 83.23276, 71.33143
2given(-0.81035, -0.58238, 0.06456), (-0.58297, 0.79024, -0.18883), (0.05896, -0.19066, -0.97988)48.43149, 23.77948, 74.68426
3given(-0.99276, 0.01323, 0.1194), (0.01623, -0.97003, 0.24246), (0.11903, 0.24264, 0.96279)19.97463, 87.35296, -12.03426
4given(-0.26617, -0.95379, 0.13938), (0.96186, -0.27227, -0.0263), (0.06304, 0.12706, 0.98989)44.89922, 2.22933, 63.91455
5given(-0.7796, 0.6255, -0.03112), (0.62365, 0.77082, -0.12996), (-0.0573, -0.12072, -0.99103)-19.70426, -40.81025, 143.64339

-
要素

#1: タンパク質
CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE


分子量: 60964.828 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES CLAVULIGERUS (バクテリア)
プラスミド: PET24A(+) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9LCV9
#2: 化合物
ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES PH7.4. 10 MG/ML PROTEIN WITH 3-FOLD EXCESS OF TDP., pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
21.6 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MHEPES1reservoirpH7.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→35.05 Å / Num. obs: 168019 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.9
反射
*PLUS
最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 35.05 Å / 冗長度: 4.1 % / Num. measured all: 683385 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.8 % / Num. unique obs: 24074 / Num. measured obs: 92570 / Rmerge(I) obs: 0.347 / Mean I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.764 / SU ML: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 8434 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.178 159529 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25009 0 222 852 26083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02125788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0223660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9635244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.867354731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.24046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0229207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.025102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.25533
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2370.227474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.214238
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.21054
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2850.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5451.516677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.991226817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.44839111
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4574.58427
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8025 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.210.5
2Bmedium positional0.230.5
3Cmedium positional0.210.5
4Dmedium positional0.160.5
5Emedium positional0.180.5
6Fmedium positional0.180.5
1Amedium thermal0.572
2Bmedium thermal1.022
3Cmedium thermal0.842
4Dmedium thermal0.732
5Emedium thermal0.792
6Fmedium thermal0.592
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.269 618
Rwork0.224 11439
精密化
*PLUS
最低解像度: 35.05 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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