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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1upb | ||||||
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タイトル | Carboxyethylarginine synthase from Streptomyces clavuligerus | ||||||
![]() | CARBOXYETHYLARGININE SYNTHASE | ||||||
![]() | SYNTHASE / CLAVULANIC ACID / ANTIBIOTIC / LACTAMASE / FLAVOPROTEIN THIAMINE PYROPHOSPHATE | ||||||
機能・相同性 | ![]() N2-(2-carboxyethyl)arginine synthase / N2-(2-carboxyethyl)arginine synthase activity / acetolactate synthase complex / acetolactate synthase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / flavin adenine dinucleotide binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caines, M.E.C. / Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure and Mechanistic Implications of N2-(2-Carboxyethyl)Arginine Synthase, the First Enzyme in the Clavulanic Acid Biosynthesis Pathway 著者: Caines, M.E.C. / Elkins, J.M. / Hewitson, K.S. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 429.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 350.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SO4 / End label comp-ID: SO4 / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 12 - 603 / Label seq-ID: 12
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60964.828 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PET24A(+) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-TPP / #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 1.6M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES PH7.4, 10 MG/ML PROTEIN WITH 3-FOLD EXCESS OF TDP., pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 17 ℃ / pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→38.35 Å / Num. obs: 114144 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 63.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 38.35 Å / 冗長度: 3.7 % / Num. measured all: 420132 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.7 % / 冗長度: 2.1 % / Num. unique obs: 11387 / Num. measured obs: 23614 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→39 Å
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拘束条件 |
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