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- PDB-1up8: Recombinant vanadium-dependent bromoperoxidase from red algae Cor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1up8
タイトルRecombinant vanadium-dependent bromoperoxidase from red algae Corallina pilulifera
要素VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
キーワードHALOPEROXIDASE / VANADATE
機能・相同性
機能・相同性情報


bromide peroxidase / bromide peroxidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / : / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Vanadium-dependent bromoperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種CORALLINA PILULIFERA (ピリヒバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Garcia-Rodriguez, E. / Isupov, M. / Ohshiro, T. / Izumi, Y. / Littlechild, J.A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2005
タイトル: Enhancing Effect of Calcium and Vanadium Ions on Thermal Stability of Bromoperoxidase from Corallina Pilulifera.
著者: Garcia-Rodriguez, E. / Ohshiro, T. / Aibara, T. / Izumi, Y. / Littlechild, J.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2004
タイトル: Modification of Halogen Specificity of a Vanadium-Dependent Bromoperoxidase.
著者: Ohshiro, T. / Littlechild, J. / Garcia-Rodriguez, E. / Isupov, M.N. / Iida, Y. / Kobayashi, T. / Izumi, Y.
#2: ジャーナル: Coord Chem Rev / 年: 2003
タイトル: Structural Studies on the Dodecameric Vanadium Bromoperoxidase from Corallina Species
著者: Littlechild, J. / Garcia-Rodriguez, E.
履歴
登録2003年9月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
B: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
C: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
D: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)263,05624
ポリマ－261,3764
非ポリマー1,68020
水41,9392328
1
A: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
B: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
C: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
D: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
ヘテロ分子

A: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
B: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
C: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
D: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
ヘテロ分子

A: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
B: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
C: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
D: VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)789,16772
ポリマ－784,12712
非ポリマー5,04060
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area120690 Å2
ΔGint-807.3 kcal/mol
Surface area274300 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)185.948, 185.948, 180.279
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.49805, -0.64468, -0.57994), (-0.64855, -0.167, 0.74262), (-0.57561, 0.74598, -0.33494)84.0302, 106.23995, -45.91362
2given(-0.30535, 0.75914, -0.57487), (0.18082, 0.63894, 0.7477), (0.93491, 0.12436, -0.33237)-66.71606, 19.55266, 20.64046
3given(-0.00168, -0.36045, 0.93278), (-0.93403, 0.33375, 0.12728), (-0.35719, -0.87103, -0.33723)14.70704, 68.26653, 127.67924

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要素

#1: タンパク質
VANADIUM-DEPENDENT BROMOPEROXIDASE 1 / VANADIUM BROMOPEROXIDASE


分子量: 65343.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CORALLINA PILULIFERA (ピリヒバ) / プラスミド: PTNT30 / 発現宿主: SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ1991 / 参照: UniProt: O81959
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROLINE 422 HAS BEEN PROVED TO BE ALANINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 4 / 詳細: 0.1M TRIS/H2SO4, 2M NH4H2PO4, pH 4.00
結晶化
*PLUS
pH: 3.8 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMTris1reservoirpH7.4
2100 mMcitric acid-potassium dihydrogenphosphate1droppH3.8
310 mMEDTA1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→22 Å / Num. obs: 178580 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QHB

1qhb


解像度: 2.2→22 Å / SU B: 4.82 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 8213 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.17 157072 93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18420 0 84 2328 20832

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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