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- PDB-1uon: REOVIRUS POLYMERASE LAMBDA-3 LOCALIZED BY ELECTRON CRYOMICROSCOPY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uon
タイトルREOVIRUS POLYMERASE LAMBDA-3 LOCALIZED BY ELECTRON CRYOMICROSCOPY OF VIRIONS AT 7.6-A RESOLUTION
要素
  • 5'-R(*GP*GP*GP*GP*GP*)-3'
  • 5'-R(*UP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*)-3'
  • MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3
キーワードPOLYMERASE / REOVIRUS / CRYOEM / CORE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / viral nucleocapsid / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / Reovirus RNA-dependent RNA polymerase lambda 3 / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / RNA / RNA-directed RNA polymerase lambda-3 / RNA-directed RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種REOVIRUS (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Zhang, X. / Walker, S.B. / Chipman, P.R. / Nibert, M.L. / Baker, T.S.
引用ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2003
タイトル: Reovirus polymerase lambda 3 localized by cryo-electron microscopy of virions at a resolution of 7.6 A.
著者: Xing Zhang / Stephen B Walker / Paul R Chipman / Max L Nibert / Timothy S Baker /
要旨: Reovirus is an icosahedral, double-stranded (ds) RNA virus that uses viral polymerases packaged within the viral core to transcribe its ten distinct plus-strand RNAs. To localize these polymerases, ...Reovirus is an icosahedral, double-stranded (ds) RNA virus that uses viral polymerases packaged within the viral core to transcribe its ten distinct plus-strand RNAs. To localize these polymerases, the structure of the reovirion was refined to a resolution of 7.6 A by cryo-electron microscopy (cryo-EM) and three-dimensional (3D) image reconstruction. X-ray crystal models of reovirus proteins, including polymerase lambda 3, were then fitted into the density map. Each copy of lambda 3 was found anchored to the inner surface of the icosahedral core shell, making major contacts with three molecules of shell protein lambda 1 and overlapping, but not centering on, a five-fold axis. The overlap explains why only one copy of lambda 3 is bound per vertex. lambda 3 is furthermore oriented with its transcript exit channel facing a small channel through the lambda 1 shell, suggesting how the nascent RNA is passed into the large external cavity of the pentameric capping enzyme complex formed by protein lambda 2.
履歴
登録2003年9月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年10月3日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / diffrn_radiation ...atom_site / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength / em_software / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _em_software.image_processing_id / _ndb_struct_conf_na.feature / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3
B: 5'-R(*GP*GP*GP*GP*GP*)-3'
C: 5'-R(*UP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,0788
ポリマ－146,5663
非ポリマー1,5115
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-4.3 kcal/mol
Surface area57050 Å2
手法PQS

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MINOR CORE PROTEIN LAMBDA 3 / POLYMERASE


分子量: 142423.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) REOVIRUS (ウイルス) / 株: T3D / 参照: UniProt: P17378, UniProt: Q8V1A3*PLUS

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RNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: RNA鎖 5'-R(*GP*GP*GP*GP*GP*)-3'


分子量: 1681.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 5'-R(*UP*AP*GP*CP*CP*CP*CP*CP*)-3'


分子量: 2461.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 355分子

#4: 化合物 ChemComp-CH1 / 3'-DEOXY-CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-dCTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: REOVIRUS POLYMERASE LAMBDA-3 / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: TRIS / pH: 7.5 / 詳細: TRIS
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
結晶化
*PLUS
手法: cryo electron microscopy / 詳細: cryo electron microscopy

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電子顕微鏡撮影

EM imaging

電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モード: BRIGHT FIELD / Specimen-ID: 1

ID加速電圧 (kV)倍率（補正後） (X)日付モデルCs (mm)最大 デフォーカス（公称値） (nm)最小 デフォーカス（公称値） (nm)倍率（公称値） (X)温度 (K)傾斜角・最大 (°)傾斜角・最小 (°)
1200392001997年12月1日FEI/PHILIPS CM200T232001300380009700
2300474402002年4月1日FEI/PHILIPS CM300FEG/T45000
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1120KODAK SO-163 FILM
22KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 54

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解析

EMソフトウェア名称: PFT / カテゴリ: ３次元再構成 / 詳細: PFT2D
CTF補正詳細: INDIVIDUAL PARTICLES, PHASE AND AMPLITUDE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: SPHERICAL HARMONICS / 解像度: 7.6 Å / 粒子像の数: 7939 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.3 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.21 Å / 倍率補正: CROSS-CORRELATION
詳細: STRUCTURE OF REOVIRUS CORE (REINISCH ET AL. 2000 NATURE 404:960-967) (PDB ENTRY 1EJ6). PROTEIN ATOMS 9986, NUCLEIC ACID ATOMS 281, HETEROGEN ATOMS 86, SOLVENT ATOMS 350.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
詳細: METHOD--SITUS (CHACON ET AL, 2002 J. MOL. BIOL. 317,375-394) WAS USED TO FIT THE X-RAY STRUCTURE OF REOVIRUS POLYMERASE (TAO ET AL. 2002 CELL 111, 733-745) (PDB CODE 1N35) INTO THE EM DENSITY ...詳細: METHOD--SITUS (CHACON ET AL, 2002 J. MOL. BIOL. 317,375-394) WAS USED TO FIT THE X-RAY STRUCTURE OF REOVIRUS POLYMERASE (TAO ET AL. 2002 CELL 111, 733-745) (PDB CODE 1N35) INTO THE EM DENSITY OF THE 7.6-A RESOLUTION MAP OF REOVIRUS VIRIONS. THE COORDINATES OF THE FITTED REOVIRUS POLYMERASE WERE ALIGNED TO THE X-RAY STRUCTURE OF REOVIRUS CORE (REINISCH ET AL. 2000 NATURE 404,960-967) (PDB ENTRY 1EJ6). ALL MATRICES FOR BUILDING AN ICOSAHEDRON CAN BE FOUND IN 1EJ6.
原子モデル構築PDB-ID: 1UON

Accession code: 1UON / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 7.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9986 281 86 350 10703

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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