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万見
- PDB-1unl: Structural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the rosco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1unl
タイトルStructural mechanism for the inhibition of CD5-p25 from the roscovitine, aloisine and indirubin.
要素
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1
キーワードCYCLIN DEPENDENT KINASE / INHIBITOR / ATP-ANALOGUE / NEURODEGENERATIVE DISEASES
機能・相同性
機能・相同性情報


superior olivary nucleus maturation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 ...superior olivary nucleus maturation / protein kinase 5 complex / acetylcholine receptor activator activity / G1 to G0 transition involved in cell differentiation / ErbB-2 class receptor binding / negative regulation of synaptic plasticity / contractile muscle fiber / positive regulation of calcium ion-dependent exocytosis / neuron cell-cell adhesion / Activated NTRK2 signals through CDK5 / layer formation in cerebral cortex / negative regulation of axon extension / protein localization to synapse / receptor catabolic process / regulation of synaptic vesicle cycle / corpus callosum development / cerebellar cortex formation / regulation of dendritic spine morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / NGF-stimulated transcription / synaptic transmission, dopaminergic / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of protein export from nucleus / axon extension / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / axonal fasciculation / motor neuron axon guidance / calcium ion import / regulation of synaptic vesicle recycling / embryo development ending in birth or egg hatching / dendrite morphogenesis / regulation of neuron differentiation / receptor clustering / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / synaptic vesicle transport / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / tau-protein kinase activity / protein kinase activator activity / beta-tubulin binding / central nervous system neuron development / oligodendrocyte differentiation / synaptic vesicle exocytosis / behavioral response to cocaine / negative regulation of cell cycle / synaptic vesicle endocytosis / DARPP-32 events / positive regulation of protein targeting to membrane / ephrin receptor signaling pathway / alpha-tubulin binding / regulation of protein localization to plasma membrane / regulation of macroautophagy / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Schwann cell development / phosphorylation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / skeletal muscle tissue development / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ionotropic glutamate receptor binding / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of microtubule polymerization / synapse assembly / sensory perception of pain / NPAS4 regulates expression of target genes / ephrin receptor binding / regulation of cell migration / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / cell-matrix adhesion / axonogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / cerebellum development / excitatory postsynaptic potential / filopodium / axon guidance / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / negative regulation of proteolysis / regulation of actin cytoskeleton organization / peptidyl-threonine phosphorylation / intracellular protein transport / neuron migration / brain development / Hsp90 protein binding / neuromuscular junction / visual learning / tau protein binding / regulation of synaptic plasticity / neuron differentiation / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / actin filament binding / rhythmic process / p53 binding / cell junction / lamellipodium / kinase activity / presynapse / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like superfamily / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Cyclin-dependent kinase 5 activator / Cyclin-dependent kinase 5 activator protein / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin-like superfamily / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
R-ROSCOVITINE / Cyclin-dependent kinase 5 / Cyclin-dependent kinase 5 activator 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mapelli, M. / Crovace, C. / Massimiliano, L. / Musacchio, A.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Mechanism of Cdk5/P25 Binding by Cdk Inhibitors
著者: Mapelli, M. / Massimilinao, L. / Crovace, C. / Seeliger, M.A. / Tsai, L.-H. / Meijer, L. / Musacchio, A.
履歴
登録2003年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4555
ポリマ－113,1004
非ポリマー3541
水5,441302
1
A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9053
ポリマ－56,5502
非ポリマー3541
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5
E: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5502
ポリマ－56,5502
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.988, 117.988, 156.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 / TAU PROTEIN KINASE II CATALYTIC SUBUNIT / TPKII CATALYTIC SUBUNIT / SERINE/THREONINE PROTEIN KINASE PSSALRE


分子量: 33349.477 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PBAC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q00535, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 ACTIVATOR 1 / CDK5 ACTIVATOR 1 / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 REGULATORY SUBUNIT 1 / TAU PROTEIN KINASE II / TPKII ...CDK5 ACTIVATOR 1 / CYCLIN-DEPENDENT KINASE 5 REGULATORY SUBUNIT 1 / TAU PROTEIN KINASE II / TPKII REGULATORY SUBUNIT / P23 / P25 / P35 / P25NCK5A


分子量: 23200.678 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 100-307 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PBAC1 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q15078
#3: 化合物 ChemComp-RRC / R-ROSCOVITINE / ロスコビチン


分子量: 354.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26N6O / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE ASP 144 ASN, CHAIN A AND B

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化pH: 7
詳細: 13% PEG 3350, 0.1 M KI, 0.1 M BISTRISPROPANE PH 7.0, 10 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 64818 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.011 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H4L

1h4l


解像度: 2.2→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.179 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 3057 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.216 57534 94.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20.17 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7096 0 26 302 7424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0217294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5411.9769882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg3.71315505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr6.2735878
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.270.27102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1130.23750
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2380.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2920.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3480.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6591.54420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15927154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88532874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8994.52728
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.241 227
Rwork0.253 4165
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.388-0.6603-0.56832.44040.8531.7101-0.0509-0.0945-0.0401-0.0360.0274-0.15550.13860.09410.02350.00260.0072-0.01210.04750.00290.106747.015430.553133.3906
22.83650.7575-0.3022.5983-0.40363.088-0.12660.4216-0.1561-0.2940.1024-0.16840.24350.12930.02420.0907-0.1026-0.02220.21560.00820.1827-16.678160.657568.659
31.3828-1.30610.77294.1021-0.60712.363-0.0166-0.1415-0.00830.19360.120.1693-0.0493-0.1597-0.10340.0789-0.0370.00810.02820.02140.093648.40161.147543.5384
41.4531-0.73180.0153.4356-0.90632.6012-0.0723-0.0048-0.65250.01350.1028-0.15690.64070.293-0.03060.6365-0.04760.02660.5-0.13160.7609-13.120429.191268.4667
514.6215-16.763732.361532.795240.220318.6509-1.2987-1.19660.87411.2761-0.6270.2416-0.24710.73951.92570.26720.000700.2608-0.00080.267159.748928.818727.149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 24
2X-RAY DIFFRACTION1A25 - 38
3X-RAY DIFFRACTION1A39 - 82
4X-RAY DIFFRACTION1A83 - 291
5X-RAY DIFFRACTION2B2 - 24
6X-RAY DIFFRACTION2B25 - 38
7X-RAY DIFFRACTION2B39 - 82
8X-RAY DIFFRACTION2B83 - 291
9X-RAY DIFFRACTION3D145 - 293
10X-RAY DIFFRACTION4E145 - 166
11X-RAY DIFFRACTION4E167 - 293
12X-RAY DIFFRACTION5A1293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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