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- PDB-1una: UNASSEMBLED VIRUS COAT PROTEIN DIMER, BACTERIOPHAGE RNA-BINDING DIMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1una
タイトルUNASSEMBLED VIRUS COAT PROTEIN DIMER, BACTERIOPHAGE RNA-BINDING DIMER
要素GA UNASSEMBLED COAT PROTEIN DIMER
キーワードVIRAL PROTEIN / UNASSEMBLED VIRUS COAT PROTEIN DIMER / BACTERIOPHAGE / RNA-BINDING DIMER / TRANSLATIONAL REPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage GA (ファージ)
手法X線回折 / MOL. REPLACEMENT / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ni, C.-Z. / Ely, K.R.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the coat protein from the GA bacteriophage: model of the unassembled dimer.
著者: Ni, C.Z. / White, C.A. / Mitchell, R.S. / Wickersham, J. / Kodandapani, R. / Peabody, D.S. / Ely, K.R.
履歴
登録1996年4月25日処理サイト: BNL
改定 1.01996年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GA UNASSEMBLED COAT PROTEIN DIMER
B: GA UNASSEMBLED COAT PROTEIN DIMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2932
ポリマ－27,2932
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.300, 60.500, 67.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GA UNASSEMBLED COAT PROTEIN DIMER / TRANSLATIONAL REPRESSOR


分子量: 13646.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THIS BACTERIOPHAGE COAT PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AS AN UNASSEMBLED DIMER. IT DID NOT FORM VIRAL CAPSIDS.
由来: (組換発現) Enterobacteria phage GA (ファージ)
属: Levivirus / 生物種: Enterobacteria phage BZ13
解説: GA COAT SEQUENCE WAS CLONED FROM RNA ISOLATED FROM GA BACTERIOPHAGE PROVIDED BY DR. A. HIRASHIMA, KEIO UNIVERSITY. THE COAT GENE IN THIS DIFFERS AT FOUR SITES FROM THE WIDETYPE PUBLISHED ...解説: GA COAT SEQUENCE WAS CLONED FROM RNA ISOLATED FROM GA BACTERIOPHAGE PROVIDED BY DR. A. HIRASHIMA, KEIO UNIVERSITY. THE COAT GENE IN THIS DIFFERS AT FOUR SITES FROM THE WIDETYPE PUBLISHED SEQUENCE (INOKUCHI ET AL.,(1986) J. BIOCHEM. 99\: 1169)
遺伝子: GA COAT GENE / プラスミド: PUC118 / 遺伝子 (発現宿主): GA COAT GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CSH41F- / 参照: UniProt: P07234

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化
*PLUS
温度: 13 ℃ / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13 mg/mlGA dimers1drop
25 mMTris-HCl1drop
350 mM1dropNaCl
40.1 MTris-maleate1reservoir
5PEG10001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年12月3日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→55 Å / Num. obs: 10793 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 81
反射
*PLUS
最低解像度: 4.79 Å / Num. obs: 6248 / Num. measured all: 32352 / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 3.02 Å / Num. unique obs: 1157 / Num. measured obs: 3616 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 6.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
XENGEN(HOWARDデータ削減
NIELSENデータ削減
XUONG)データ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: MOL. REPLACEMENT
開始モデル: MS2 COAT PROTEIN DIMER (1MS2)

1ms2
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 -10 %
Rwork0.204 --
obs-5372 50 %
原子変位パラメータBiso mean: 17.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 0 0 1928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0060.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.045
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0130.035
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it6.9581.75
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it9.6492.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it7.7771.75
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it10.1312.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0060.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1920.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2110.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1660.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.55
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor22.520
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor19.120
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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