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万見
- PDB-1umr: Crystal structure of the platelet activator convulxin, a disulfid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1umr
タイトルCrystal structure of the platelet activator convulxin, a disulfide linked a4b4 cyclic tetramer from the venom of Crotalus durissus terrificus
要素
  • CONVULXIN ALPHA
  • CONVULXIN BETA
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / C-TYPE LECTIN / PLATELET / SUGAR-BINDING PROTEIN / ACTIVATOR / SNAKE VENOM
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snaclec convulxin subunit alpha / Snaclec convulxin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種CROTALUS DURISSUS TERRIFICUS (ヘビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Murakami, M.T. / Zela, S.P. / Gava, L.M. / Michelan-Duarte, S. / Cintra, A.C.O. / Arni, R.K.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Platelet Activator Convulxin, a Disulfide Linked A4B4 Cyclic Tetramer from the Venom of Crotalus Durissus Terrificus
著者: Murakami, M.T. / Zela, S.P. / Gava, L.M. / Michelan-Duarte, S. / Cintra, A.C.O. / Arni, R.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Initial Structural Analysis of an Alpha(4)Beta(4) C-Type Lectin from the Venom of Crotalus Durissus Terrificus
著者: Murakami, M.T. / Watanabe, L. / Gava, L.M. / Zela, S.P. / Cintra, A.C.O. / Arni, R.K.
履歴
登録2003年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CONVULXIN ALPHA
B: CONVULXIN ALPHA
C: CONVULXIN BETA
D: CONVULXIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4134
ポリマ－61,4134
非ポリマー00
水3,549197
1
A: CONVULXIN ALPHA
C: CONVULXIN BETA

A: CONVULXIN ALPHA
C: CONVULXIN BETA

A: CONVULXIN ALPHA
C: CONVULXIN BETA

A: CONVULXIN ALPHA
C: CONVULXIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8268
ポリマ－122,8268
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
手法PQS
2
B: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA

B: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA

B: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA

B: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,8268
ポリマ－122,8268
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
3
A: CONVULXIN ALPHA
C: CONVULXIN BETA

A: CONVULXIN ALPHA
C: CONVULXIN BETA

A: CONVULXIN ALPHA
C: CONVULXIN BETA

A: CONVULXIN ALPHA
C: CONVULXIN BETA

B: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA

B: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA

B: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA

B: CONVULXIN ALPHA
D: CONVULXIN BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,65216
ポリマ－245,65216
非ポリマー00
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation5_544x+1/2,y-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation6_654-x+3/2,-y+1/2,z-1/21
crystal symmetry operation7_644-y+3/2,x-1/2,z-1/21
crystal symmetry operation8_554y+1/2,-x+1/2,z-1/21
Buried area43810 Å2
ΔGint-240 kcal/mol
Surface area91700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.906, 131.906, 112.849
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細THE QUATERNARY STRUCTURE IS OF THE TYPE A4B4 CYCLICTETRAMER (HETERO-OCTAMERIC)

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要素

#1: タンパク質 CONVULXIN ALPHA / CVX ALPHA


分子量: 15745.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CROTALUS DURISSUS TERRIFICUS (ヘビ) / 組織: VENOM GLAND / 参照: UniProt: O93426
#2: タンパク質 CONVULXIN BETA / CVX BETA


分子量: 14960.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) CROTALUS DURISSUS TERRIFICUS (ヘビ) / 組織: VENOM GLAND / 参照: UniProt: O93427
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.60
結晶化
*PLUS
pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium acetate1reservoir
3200 mM1reservoirpH4.6CaCl2
414 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 36900 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.8
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.8 % / Rmerge(I) obs: 0.404 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C3A

1c3a


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 6.669 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1845 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.19 34998 97.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å20 Å20 Å2
2--1.16 Å20 Å2
3----2.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4318 0 0 197 4515
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0330.0214478
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6931.8926072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4295516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2070.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.023452
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2560.32138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.5400
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4470.348
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.97122592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.52934184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.10321886
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.45631888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.322 123
Rwork0.253 2594
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_deg8.429

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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