PDB-1ump: GEOMETRY OF TRITERPENE CONVERSION TO PENTACARBOCYCLIC HOPENE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ump

タイトル

GEOMETRY OF TRITERPENE CONVERSION TO PENTACARBOCYCLIC HOPENE

要素

SQUALENE--HOPENE CYCLASE

キーワード

ISOMERASE / TRITERPENE CYCLASE / CHOLESTEROL BIOSYNTHESIS / OXIDOSQUALENE CYCLASE / MONOTOPIC MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

squalene-hopanol cyclase / squalene-hopene cyclase / squalene-hopene cyclase activity / triterpenoid biosynthetic process / lipid droplet / lyase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Reinert, D.J. / Balliano, G. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2004
タイトル: Conversion of Squalene to the Pentacarbocyclic Hopene
著者: Reinert, D.J. / Balliano, G. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2003年8月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2004年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月20日	Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ump.cif.gz	764.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ump.ent.gz	641.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ump.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ump_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ump_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	1ump_validation.xml.gz	77.8 KB	表示
CIF形式データ	1ump_validation.cif.gz	113.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/1ump ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/1ump	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gszS 1h35 1h36 1h37 1h39 1h3a 1h3b 1h3c 1o6h 1o6q 1o6r 1o79 1sqc 2sqc 3sqc S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1o6r-1 1o79-3 1gsz-1 1h39-2 1h3c-3 1h3a-3 1h3a-2 1gsz-3 1h3c-1 1o6q-3 1o6h-3 1o6q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (16) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: SQUALENE--HOPENE CYCLASE

B: SQUALENE--HOPENE CYCLASE

C: SQUALENE--HOPENE CYCLASE

ヘテロ分子

218 kDa, 3 ポリマー
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1

A: SQUALENE--HOPENE CYCLASE

ヘテロ分子

B: SQUALENE--HOPENE CYCLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SQUALENE--HOPENE CYCLASE

ヘテロ分子

A: SQUALENE--HOPENE CYCLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
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3

C: SQUALENE--HOPENE CYCLASE

ヘテロ分子

C: SQUALENE--HOPENE CYCLASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
145 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.144, 139.144, 240.699
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.48174, -0.876224, -0.012599), (0.876286, -0.481559, -0.014949), (0.007031, -0.018242, 0.999809)	139.94492, -4.8023, 2.45863
2	given	(-0.532911, 0.84612, -0.009267), (-0.845892, -0.532985, -0.019856), (-0.02174, -0.002743, 0.99976)	77.55786, 120.88502, 2.0045
3	given	(-0.484575, -0.874286, -0.02847), (0.874749, -0.484308, -0.016101), (0.000289, -0.032706, 0.999465)	141.24185, -3.81716, -0.64865

詳細

THE DIMERIC COMPLEX DESCRIBED HERE IS OF THE TYPE A-B', B-A' AND C-C'

#1: タンパク質	SQUALENE--HOPENE CYCLASE 分子量: 71650.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS (バクテリア) 解説: THERMOSTABLE, ACIDOPHILIC / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P33247, squalene-hopene cyclase
#2: 化合物	ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル分子量: 306.438 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₅ / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SQA / 2-AZASQUALENE / (4E,8E,12Z,16Z)-N,N,4,8,13,17,21-HEPTAMETHYLDOCOSA-4,8,12,16,20-PENTAEN-1-AMINE / 2-アザ-2,3-ジヒドロスクアレン分子量: 413.722 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₅₁N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	CATALYZES CYCLIZATION OF SQUALENE TO HOPENE. KEY ENZYME IN HOPANOID (TRITERPENOID) METABOLISM.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.84 %

結晶化

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: HANGING DROP WITH 5-8 MG/ML PROTEIN,0.3 PERCENT (W/V) N-OCTYL-TETRAOXYETHYLENE, 50 MM SODIUM CITRATE (PH 4.8), 50 MM SODIUM CHLORIDE, 6...16 PERCENT (V/V) PEG-600 AND 1.5 MOLAR EXCESS (IN ...

結晶化

*PLUS

温度: 20.5 ℃ / pH: 4.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	13 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	sodium cirtate	1	reservoir	pH4.8
3	100 mM		1	reservoir		NaCl
4	6-16 %(v/v)	PEG600	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98005
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98005 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.13→20 Å / Num. obs: 149921 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 99.9
反射	PLUS 最高解像度: 2.13 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs*: 0.052
反射シェル	PLUS % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Num. unique obs: 11956 / R_merge(I) obs: 0.285 / Mean I/σ(I) obs*: 4.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GSZ

1gsz

解像度: 2.13→19.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 4.875 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	3691	2.5 %	RANDOM
R_work	0.186	-	-	-
obs	0.187	146229	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	-0.57 Å²	0 Å²
2-	-	-1.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→19.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14892	0	195	1210	16297

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	15578
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	14076
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.317	1.951	21133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.853	3	32553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.694	5	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	2121
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	17418
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	3563
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	16626
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	8405
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.274	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.233	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.285	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.519	1.5	9222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.933	2	14772
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.666	3	6356
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.647	4.5	6361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.13→2.19 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.299	271
R_work	0.246	10621

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0336	-0.8751	-0.3888	3.4118	0.9328	1.8356	0.1397	0.0718	0.3375	-0.8435	0.0682	-0.7687	-0.1584	0.1956	-0.2079	0.2846	-0.0152	0.1954	0.0694	0.032	0.3193	64.8146	68.2556	64.2103
2	0.8368	0.1433	-0.2439	1.2473	-0.3106	1.5182	0.0043	0.0386	-0.0098	-0.047	0.0172	0.1249	-0.2111	-0.1165	-0.0215	0.081	0.0563	-0.0568	0.0393	-0.0413	0.0599	48.0776	18.2085	65.8836
3	4.5232	0.9207	1.6162	0.8144	0.3993	1.9381	-0.1607	0.6626	0.1413	-0.1549	0.1126	0.0834	-0.0239	0.1232	0.0481	0.0767	-0.0131	-0.0075	0.1196	0.0009	0.0619	100.1557	28.3264	64.6357

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 628
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 628
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 628

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 2.5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.3

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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