PDB-1ul2: Solution Conformation of alpha-Conotoxin GIC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ul2

タイトル

Solution Conformation of alpha-Conotoxin GIC

要素

alpha-conotoxin GIC

キーワード

TOXIN / alpha-helix / beta-turn / two disulfide bonds / C-terminal amidation

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Chi, S.-W. / Kim, D.-H. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M. / Han, K.-H.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2004
タイトル: Solution conformation of alpha-conotoxin GIC, a novel potent antagonist of alpha3beta2 nicotinic acetylcholine receptors
著者: Chi, S.-W. / Kim, D.-H. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M. / Han, K.-H.

履歴

登録	2003年9月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ul2.cif.gz	74.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ul2.ent.gz	50.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ul2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/1ul2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ul/1ul2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6uf8-1 1gm2-d 2iha-d 6b17-7 5t1m-3 1mxp-d 2gcz-d 6bes-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: alpha-conotoxin GIC

1.61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #5	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	alpha-conotoxin GIC 分子量: 1614.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Conus geographus. / 参照: UniProt: Q86RB2
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
2	4	1	2D NOESY
2	5	1	2D TOCSY
2	6	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

内容: 11.5mM alpha-conotoxin GIC / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0	3.5	1 atm	293 K
2	0	3.5	1 atm	283 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1B	Varian	collection
Felix	98	Molecular Simulation Inc	構造決定
CNS	1.1		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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