PDB-2gcz: Solution Structure of alpha-Conotoxin OmIA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gcz

タイトル

Solution Structure of alpha-Conotoxin OmIA

要素

Alpha-conotoxin OmIA

キーワード

TOXIN / alpha-helix / beta-turn / two disulfide bonds / C-terminal amidation

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Conus omaria (ミナミアジロイモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Chi, S.-W. / Kim, D.-H. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M. / Han, K.-H.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2006
タイトル: Solution conformation of a neuronal nicotinic acetylcholine receptor antagonist alpha-conotoxin OmIA that discriminates alpha3 vs. alpha6 nAChR subtypes
著者: Chi, S.-W. / Kim, D.-H. / Olivera, B.M. / McIntosh, J.M. / Han, K.-H.

履歴

登録	2006年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2020年6月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn ...entity / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gcz.cif.gz	80 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gcz.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gc/2gcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1mxp-d 1nkf-d 1mxn-d 2mdq-d 6ctg-d 6uf8-1 1ul2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-conotoxin OmIA

1.73 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin OmIA 分子量: 1725.974 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-17 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in Conus omaria. / 由来: (合成) Conus omaria (ミナミアジロイモ) / 参照: UniProt: P0C1R7
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
2	4	1	2D NOESY
2	5	1	2D TOCSY
2	6	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

内容: 4.8mM alpha-conotoxin OmIA; 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0	4.1	1 atm	298 K
2	0	4.1	1 atm	288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1B	Varian	collection
NMRView	5.0.4	Merck & Co Inc	データ解析
CNS	1.1		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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