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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ujm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aldehyde reductase 2 from Sporobolomyces salmonicolor AKU4429 | ||||||
要素 | Aldehyde reductase II | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NADPH-dependent enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sporidiobolus salmonicolor (酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kamitori, S. / Iguchi, A. / Ohtaki, A. / Kita, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of aldehyde reductase 2 from Sporobolomyces salmonicolor AKU4429 at 2.0 A resolution 著者: Kamitori, S. / Iguchi, A. / Ohtaki, A. / Kita, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ujm.cif.gz | 157.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ujm.ent.gz | 122.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ujm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uj/1ujm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37459.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sporidiobolus salmonicolor (酵母) / 株: AKU4429 / プラスミド: pUC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UUN9, alcohol dehydrogenase (NADP+) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.29 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG MME 2000, 0.1M Na Acetate, 0.2M Ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.97899, 0.97916, 1.0 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月28日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2→39.03 Å / Num. all: 47081 / Num. obs: 47081 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique all: 6783 / Rsym value: 0.096 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→39.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2323120.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS1.1
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.1516 Å2 / ksol: 0.359713 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→39.03 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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