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- PDB-1uix: Coiled-coil structure of the RhoA-binding domain in Rho-kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uix
タイトルCoiled-coil structure of the RhoA-binding domain in Rho-kinase
要素Rho-associated kinase
キーワードTRANSFERASE / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of centrosome duplication / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of cell junction assembly / embryonic morphogenesis / actomyosin structure organization / cortical actin cytoskeleton organization / Rho protein signal transduction / mitotic cytokinesis / smooth muscle contraction / regulation of actin cytoskeleton organization ...positive regulation of centrosome duplication / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / regulation of cell junction assembly / embryonic morphogenesis / actomyosin structure organization / cortical actin cytoskeleton organization / Rho protein signal transduction / mitotic cytokinesis / smooth muscle contraction / regulation of actin cytoskeleton organization / regulation of circadian rhythm / small GTPase binding / rhythmic process / actin cytoskeleton organization / cytoskeleton / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / : / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Single helix bin / : / Rho-associated protein kinase 2, HR1 domain / ROCK, Rho binding domain / Rho-associated protein kinase 1/2 / Rho Binding / Rho-binding (RhoBD) domain profile. / HR1 rho-binding domain / REM-1 domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PH-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho-associated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shimizu, T. / Ihara, K. / Maesaki, R. / Amano, M. / Kaibuchi, K. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Parallel coiled-coil association of the RhoA-binding domain in Rho-kinase
著者: Shimizu, T. / Ihara, K. / Maesaki, R. / Amano, M. / Kaibuchi, K. / Hakoshima, T.
履歴
登録2003年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-associated kinase
B: Rho-associated kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1122
ポリマ－16,1122
非ポリマー00
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.0, 26.1, 39.6
Angle α, β, γ (deg.)90, 90.4, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Rho-associated kinase / coiled-coil domain in Rho-kinase


分子量: 8055.914 Da / 分子数: 2 / 断片: coiled-coil domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q28021, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES, KCl, PEG1000, ethylene glycol, n-octanoylsucrose, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Thara, K., (2000) Acta Crystallogr., D56, 1042.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12.7 mg/mlprotein1drop
255 mMHEPES1droppH7.0
323 mM1dropKCl
411 %PEG10001drop
514 %ethylene glycol1drop
622 mMn-octanoylsucrose1drop
7100 mMHEPES1reservoirpH7.0
825 %PEG10001reservoir
930 %ethylene glycol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 0.9784, 0.9778, 0.9600, 1.000
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年12月15日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97841
20.97781
30.961
411
反射解像度: 1.8→39.53 Å / Num. all: 12896 / Num. obs: 12896 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.082 / Mean I/σ(I) obs: 14.8 / % possible all: 68.4
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. measured all: 139215
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 68.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→39.5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1283 10 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.219 12896 --
obs0.219 12894 89.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20.37 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3----0.3 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 0 174 1175
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.49
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.229
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.208 56
Rwork0.148 647
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.511
X-RAY DIFFRACTIONr_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_improper_angle_deg1.713

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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