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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uh8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rhizopuspepsin at pH 8.0 | ||||||
要素 | hizopuspepsin I | ||||||
キーワード | HYDROLASE / pepsin / aspartic proteinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhizopus microsporus var. chinensis (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Prasad, B.V.L.S. / Suguna, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Effect of pH on the structure of rhizopuspepsin. 著者: Prasad, B.V. / Suguna, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uh8.cif.gz | 79.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uh8.ent.gz | 58.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uh8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1uh8_validation.pdf.gz | 415.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1uh8_full_validation.pdf.gz | 419.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1uh8_validation.xml.gz | 16.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1uh8_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/1uh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uh/1uh8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34312.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Rhizopus microsporus var. chinensis (菌類) 生物種: Rhizopus microsporus / 株: var. chinensis / 参照: UniProt: Q02016, UniProt: P06026*PLUS, EC: 3.4.23.6 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: sodium cacodylate, calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 8.00, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 93785 / Num. obs: 17607 / % possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.089 / % possible all: 97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2APR 解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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