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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ue7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the single-stranded dna-binding protein from mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | Single-strand binding protein | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / OLIGONUCLEOTIDE BINDING FOLD / DNA-BINDING PROTEIN / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA replication / response to antibiotic / DNA damage response / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.MOL.BIOL. / 年: 2003 タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis single-stranded DNA-binding protein. Variability in quaternary structure and its implications 著者: Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2002 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray studies of the single-stranded DNA-binding protein from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Purnapatre, K. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ue7.cif.gz | 86.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ue7.ent.gz | 64.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ue7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ue7_validation.pdf.gz | 457.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ue7_full_validation.pdf.gz | 478.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ue7_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ue7_validation.cif.gz | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/1ue7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/1ue7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17372.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) プラスミド: PET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A610, UniProt: P9WGD5*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.29 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2M MAGNESIUM CHLORIDE, 500mM SODIUM CHLORIDE, 20mM TRIS-HCL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Saikrishnan, K., (2002) Acta Cryst., D58, 327. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 48456 / Num. obs: 10610 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.101 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / % possible all: 96.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / 冗長度: 4.6 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.461 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1UE6 解像度: 3.2→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 165044.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: A LARGE NUMBER OF THE ISOLATED WATER MOLECULES REPRESENT THE DISCREET AND ISOLATED ELECTRON DENSITIES, WHICH MAY CORRESPOND TO THE UNDEFINED REGIONS OF THE POLYPEPTIDE CHAIN PRIMARILY AT THE ...詳細: A LARGE NUMBER OF THE ISOLATED WATER MOLECULES REPRESENT THE DISCREET AND ISOLATED ELECTRON DENSITIES, WHICH MAY CORRESPOND TO THE UNDEFINED REGIONS OF THE POLYPEPTIDE CHAIN PRIMARILY AT THE C-TERMINUS AND THE LOOPS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.3625 Å2 / ksol: 0.298682 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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