+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ue1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the single-stranded dna-binding protein from mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | Single-strand binding protein | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / OLIGONUCLEOTIDE BINDING FOLD / DNA-BINDING PROTEIN / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA replication / response to antibiotic / DNA damage response / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis single-stranded DNA-binding protein. Variability in quaternary structure and its implications 著者: Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2002 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray studies of the single-stranded DNA-binding protein from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Saikrishnan, K. / Jeyakanthan, J. / Venkatesh, J. / Acharya, N. / Purnapatre, K. / Sekar, K. / Varshney, U. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 46.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17372.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET11d / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 1M SODIUM ACETATE, 500mM SODIUN CHLORIDE, 50mM ZINC SULFATE, 20mM TRIS-HCL, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Saikrishnan, K., (2002) Acta Cryst., D58, 327. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月5日 |
放射 | モノクロメーター: OSMIC MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 9456 / Num. obs: 9456 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 44.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 冗長度: 4.8 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: A LARGE NUMBER OF THE ISOLATED WATER MOLECULES REPRESENT THE DISCREET AND ISOLATED ELECTRON DENSITIES, WHICH MAY CORRESPOND TO THE UNDEFINED REGIONS OF THE POLYPEPTIDE CHAIN PRIMARILY AT THE ...詳細: A LARGE NUMBER OF THE ISOLATED WATER MOLECULES REPRESENT THE DISCREET AND ISOLATED ELECTRON DENSITIES, WHICH MAY CORRESPOND TO THE UNDEFINED REGIONS OF THE POLYPEPTIDE CHAIN PRIMARILY AT THE C-TERMINUS AND THE LOOPS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.9437 Å2 / ksol: 0.298619 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.11 / Total num. of bins used: 20 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|