[日本語] English
万見
- PDB-1udx: Crystal structure of the conserved protein TT1381 from Thermus th... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1udx
タイトルCrystal structure of the conserved protein TT1381 from Thermus thermophilus HB8
要素the GTP-binding protein Obg
キーワードPROTEIN BINDING / GTP-binding protein / Obg / TGS domain / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome biogenesis / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GTP-binding protein OBG, C-terminal domain / GTP-binding protein OBG, C-terminal / GTP-binding protein OBG, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1967) / Obg C-terminal (OCT) domain profile. / Spo0b-associated Gtp-binding Protein; Chain: A, / GTP1/OBG domain / GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / GTP1/OBG domain ...GTP-binding protein OBG, C-terminal domain / GTP-binding protein OBG, C-terminal / GTP-binding protein OBG, C-terminal domain superfamily / Domain of unknown function (DUF1967) / Obg C-terminal (OCT) domain profile. / Spo0b-associated Gtp-binding Protein; Chain: A, / GTP1/OBG domain / GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / GTP1/OBG / Obg domain profile. / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / Distorted Sandwich / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GTPase Obg / GTPase Obg
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Kukimoto-Niino, M. / Shirouzu, M. / Murayama, K. / Inoue, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the GTP-binding protein Obg from Thermus thermophilus HB8.
著者: Kukimoto-Niino, M. / Murayama, K. / Inoue, M. / Terada, T. / Tame, J.R. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2003年5月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: the GTP-binding protein Obg
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7954
ポリマ－44,5591
非ポリマー2363
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.332, 65.332, 201.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

-
要素

#1: タンパク質 the GTP-binding protein Obg


分子量: 44558.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7X493, UniProt: Q5SHE9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: MPD, Sodium acetate, sodium chloride, sodium citrate, sodium cacodylate, iso-propanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15 mg/mlprotein1dropdiluted with MilliQ water
27.5 %(v/v)MPD1reservoir
325 mMsodium acetate1reservoirpH4.6
410 mM1reservoirNaCl

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL44B21
シンクロトロンSPring-8 BL26B121
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2002年10月19日
RIGAKU RAXIS V2IMAGE PLATE2002年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. all: 58064 / Num. obs: 29509 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 26.8 Å2
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / % possible all: 100
反射
*PLUS
冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 6.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.07→49.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1781962.07 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2934 10 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 29401 99.3 %-
all-29401 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.3391 Å2 / ksol: 0.344325 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.39 Å21.12 Å20 Å2
2---5.39 Å20 Å2
3---10.79 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.29 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3099 0 16 165 3280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.142.5
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 493 10 %
Rwork0.284 4448 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2LIGAND_PARAMLIGAND_TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 29435 / Rfactor Rfree: 0.279
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る