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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1udk | ||||||
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タイトル | Solution Structure of Nawaprin | ||||||
![]() | Nawaprin | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / antiparallel beta-sheet / spiral backbone configuration | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, distance geometry, torsion angle dynamics | ||||||
![]() | Torres, A.M. / Wong, H.Y. / Desai, M. / Moochhala, S. / Kuchel, P.W. / Kini, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Identification of a Novel Family of Proteins in Snake Venoms: Purification and Structural Characterization of Nawaprin from Naja nigricollis Snake Venom 著者: Torres, A.M. / Wong, H.Y. / Desai, M. / Moochhala, S. / Kuchel, P.W. / Kini, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 278.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 232 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 339.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5300.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D NOESY |
NMR実験の詳細 | Text: The structures were determined using standard 2D homonuclear techniques. |
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試料調製
詳細 | 内容: 1.7mM Nawaprin / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: no salt added / pH: 3.1 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing, molecular dynamics, distance geometry, torsion angle dynamics ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 530 restraints, 503 are NOE-derived distance restraints, 9 dihedral angle restraints, 18 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 3000 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |