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- PDB-1udi: NUCLEOTIDE MIMICRY IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE URACIL-DNA GLY... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1udi
タイトルNUCLEOTIDE MIMICRY IN THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE URACIL-DNA GLYCOSYLASE-URACIL GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN COMPLEX
要素
  • URACIL-DNA GLYCOSYLASE
  • URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E ...Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil-DNA glycosylase / Uracil-DNA glycosylase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Herpes simplex virus (ヘルペスウイルス)
Bacillus phage PBS1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Pearl, L.H. / Savva, R.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Nucleotide mimicry in the crystal structure of the uracil-DNA glycosylase-uracil glycosylase inhibitor protein complex.
著者: Savva, R. / Pearl, L.H.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Cloning and Expression of the Uracil-DNA Glycosylase Inhibitor from Bacteriophage Pbs1, and Crystallisation of a Uracil-DNA Glycosylase Uracil-DNA Glycosylase Inhibitor Complex
著者: Savva, R. / Pearl, L.H.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: The Structural Basis of Specific Base Excision Repair by Uracil-DNA Glycosylase
著者: Savva, R. / Mcauley-Hecht, K. / Brown, T. / Pearl, L.H.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Uracil-DNA Glycosylase DNA Repair Enzyme from Herpes Simplex Virus Type 1
著者: Savva, R. / Pearl, L.H.
履歴
登録1995年10月30日処理サイト: BNL
改定 1.01996年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
I: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7182
ポリマ－36,7182
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.120, 144.120, 40.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO E 63 / 2: CIS PROLINE - PRO I 63

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要素

#1: タンパク質 URACIL-DNA GLYCOSYLASE


分子量: 27366.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Herpes simplex virus (type 1 / strain 17) (ヘルペスウイルス)
属: Simplexvirus / 生物種: Human herpesvirus 1 / 株: 17 / 参照: UniProt: P10186, uridine nucleosidase
#2: タンパク質 URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN / UGI


分子量: 9351.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus phage PBS1 (ファージ) / 参照: UniProt: P14739
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.8 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111 %(w/v)PEG800011
2100 mMsodium phosphate11
335 mMammonium sulfate11
412.5 mg/mlprotein11

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.448
検出器タイプ: MAR scanner 180 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.448 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 12683 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.77 Å / % possible obs: 85 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
MOSFLMデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rfree0.276 -
Rwork0.188 -
obs0.188 12288
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2472 0 0 47 2519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.863
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_improper_angle_deg / Dev ideal: 1.468

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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