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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ucr | ||||||
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タイトル | Three-dimensional crystal structure of dissimilatory sulfite reductase D (DsrD) | ||||||
![]() | Protein dsvD | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / dissimilatory sulfite reductase D / DNA binding motif / sulfate-reducing bacteria / winged-helix motif | ||||||
機能・相同性 | Dissimilatory sulphite reductase D / Dissimilatory sulfite reductase D (DsrD) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Protein DsvD![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mizuno, N. / Voordouw, G. / Miki, K. / Sarai, A. / Higuchi, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Dissimilatory Sulfite Reductase D (DsrD) Protein-Possible Interaction with B- and Z-DNA by Its Winged-Helix Motif 著者: Mizuno, N. / Voordouw, G. / Miki, K. / Sarai, A. / Higuchi, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 388.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 391.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8841.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 73-75% saturated ammonium sulfate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Mizuno, N., (2000) Acta Crystallogr., D56, 754. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.708 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→100 Å / Num. obs: 55639 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 565339 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 1.26 Å / % possible obs: 99.8 % / Num. unique obs: 8364 / Num. measured obs: 82965 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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Refine analyze | Num. disordered residues: 6 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 1451 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Rfactor Rwork: 0.1389 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 1.24 Å / Rfactor Rwork: 0.166 / Num. reflection obs: 5001 |