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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ubg | ||||||
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タイトル | MsREcA-dATP complex | ||||||
![]() | RecA | ||||||
![]() | RECOMBINATION / DNA-REPAIR | ||||||
機能・相同性 | ![]() ATP-dependent DNA damage sensor activity / SOS response / single-stranded DNA binding / DNA recombination / damaged DNA binding / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Datta, S. / Krishna, R. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Mycobacterium smegmatis RecA and Its Nucleotide Complexes 著者: Datta, S. / Krishna, R. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Mycobacterium Tuberculosis Reca and its Complex with Adp-Alf4: Implications For Decreased ATPase Activity and Molecular Aggregation 著者: Datta, S. / Prabu, M. / Vaze, M.B. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: Insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition 著者: Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 727.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 754 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37344.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: pThioA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-DTP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.68 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 4000, CIT-PHOS, NACL, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月7日 |
放射 | モノクロメーター: NULL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→30 Å / Num. all: 5696 / Num. obs: 5274 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 524 / % possible all: 94.2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / Num. obs: 5484 / % possible obs: 92.2 % |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / % possible obs: 94.2 % / Num. unique obs: 524 / Mean I/σ(I) obs: 2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1g19 解像度: 3.5→14.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 151431.62 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.110226 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→14.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.5→3.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.5 Å / 最低解像度: 15 Å / Rfactor Rfree: 0.279 / Rfactor Rwork: 0.232 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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