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- PDB-1ubd: CO-CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN YY1 ZINC FINGER DOMAIN BOUND TO THE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ubd
タイトルCO-CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN YY1 ZINC FINGER DOMAIN BOUND TO THE ADENO-ASSOCIATED VIRUS P5 INITIATOR ELEMENT
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*A P*GP*CP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*AP*C P*CP*CP*T)-3')
  • PROTEIN (YY1 ZINC FINGER DOMAIN)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION INITIATION / INITIATOR ELEMENT / YY1 / ZINC FINGER PROTEIN / DNA- PROTEIN RECOGNITION / COMPLEX (TRANSCRIPTION REGULATION-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to prostaglandin F / RNA localization / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / PcG protein complex / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / camera-type eye morphogenesis / negative regulation of interferon-beta production / Ino80 complex / chromatin silencing complex ...response to prostaglandin F / RNA localization / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / PcG protein complex / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / camera-type eye morphogenesis / negative regulation of interferon-beta production / Ino80 complex / chromatin silencing complex / response to UV-C / anterior/posterior pattern specification / DNA-binding transcription repressor activity / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / SMAD binding / regulation of chromosome organization / regulation of DNA replication / regulation of embryonic development / cellular response to interleukin-1 / regulation of DNA repair / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / four-way junction DNA binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / telomere maintenance / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of DNA repair / B cell differentiation / double-strand break repair via homologous recombination / DNA Damage Recognition in GG-NER / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / nuclear matrix / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to UV / UCH proteinases / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / spermatogenesis / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
C2H2-type Zinc finger protein, YY1-like / Classic Zinc Finger / Zinc finger, C2H2 type / Double Stranded RNA Binding Domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional repressor protein YY1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Houbaviy, H.B. / Usheva, A. / Shenk, T. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Cocrystal structure of YY1 bound to the adeno-associated virus P5 initiator.
著者: Houbaviy, H.B. / Usheva, A. / Shenk, T. / Burley, S.K.
履歴
登録1996年10月4日処理サイト: NDB
改定 1.01996年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*A P*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*AP*C P*CP*CP*T)-3')
C: PROTEIN (YY1 ZINC FINGER DOMAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7197
ポリマ－26,4573
非ポリマー2624
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.000, 65.700, 117.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*GP*TP*CP*TP*CP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*GP*AP*A P*GP*CP*G)-3')


分子量: 6164.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*GP*AP*GP*AP*C P*CP*CP*T)-3')


分子量: 6102.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (YY1 ZINC FINGER DOMAIN)


分子量: 14189.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / キーワード: MUTANT D291M, A292E / 参照: UniProt: P25490
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.84 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.9-1.2 mMdelta-YY11drop
2100 mMHEPES1reservoir
3100 mM1reservoirNaCl
45 mM1reservoirMgCl2
525 %PEG50001reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 12347 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 93.6 % / Num. measured all: 64023

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→6 Å / σ(F): 2
詳細: LOCAL SCALING OF F(OBSERVED) AGAINST F(CALCULATED) WITH LSCALE (AUTHOR: M. ROULD) TO CORRECT FOR ANISOTROPIC DIFFRACTION AND ABSORPTION EFFECTS
Rfactor反射数
Rfree0.33 -
Rwork0.212 -
obs0.212 9726
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数904 814 4 87 1809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.07
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 2 / Num. reflection Rfree: 1121 / Rfactor Rfree: 0.33
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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