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- PDB-1ub8: Crystal structure of d(GCGAAGC), bending duplex with a bulge-in r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ub8
タイトルCrystal structure of d(GCGAAGC), bending duplex with a bulge-in residue
要素5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
キーワードDNA / sheared G:A pair / bulge-in duplex / G:AxA:G crossing
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sunami, T. / Kondo, J. / Hirao, I. / Watanabe, K. / Miura, K. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Structures of d(GCGAAGC) and d(GCGAAAGC) (tetragonal form): a switching of partners of the sheared G.A pairs to form a functional G.AxA.G crossing.
著者: Sunami, T. / Kondo, J. / Hirao, I. / Watanabe, K. / Miura, K. / Takenaka, A.
履歴
登録2003年3月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,33515
ポリマ－12,8856
非ポリマー1,4509
水5,477304
1
A: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7785
ポリマ－4,2952
非ポリマー4833
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9396
ポリマ－4,2952
非ポリマー6444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6174
ポリマ－4,2952
非ポリマー3222
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.675, 48.856, 63.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*GP*C)-3'


分子量: 2147.437 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized
#2: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: sodium cacodylate, sodium chloride, potassium chloride, hexaamminecobalt(III) chloride, MEGA-10, 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2sodium chloride11
3potassium chloride11
4hexaamminecobalt(III) chloride11
5MEGA-1011
62-methyl-2,4-pentanediol11
7sodium cacodylate12
8sodium chloride12
9potassium chloride12
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.5 mMprotein1drop
220 mM1reservoirpH6.0NaCl
3140 mM1reservoirKCl
420 mM1reservoirCo(NH3)6Cl3
518 %MPD1reservoir
60.17 %n-decanoyl-N-methylglucamide1reservoir
740 mM1reservoir
81
91

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→24 Å / Num. all: 20712 / Num. obs: 20709 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 328413
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→24 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2315 1999 RANDOM
Rwork0.1942 --
all-20662 -
obs-20173 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 858 63 304 1225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.7
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.66 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2721 195
Rwork0.2413 -
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.232 / Rfactor Rwork: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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