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万見
- PDB-1uaz: Crystal structure of archaerhodopsin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uaz
タイトルCrystal structure of archaerhodopsin-1
要素archaerhodopsin-1
キーワードPROTON TRANSPORT / Proton pump / retinal protein / 7 trans-membrane helices
機能・相同性
機能・相同性情報


: / monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / membrane => GO:0016020 / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RETINAL / Archaerhodopsin-1 / Archaerhodopsin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium sp. AUS-1 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Enami, N. / Okumua, H. / Kouyama, T.
引用ジャーナル: J.Photosci. / 年: 2003
タイトル: X-ray crystallographic studies of archaerhodopsin
著者: Enami, N. / Okumua, H. / Kouyama, T.
履歴
登録2003年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: archaerhodopsin-1
B: archaerhodopsin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0204
ポリマ－54,4522
非ポリマー5692
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.100, 128.100, 117.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological assembly is a trimer generated from a monomer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 archaerhodopsin-1 / AR 1


分子量: 27225.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Halobacterium sp. AUS-1 (好塩性) / 株: aus-1 / 参照: UniProt: P19585, UniProt: P69051*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.7 %
結晶化温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: ammonium sulfate, octylthioglucoside, sodium citrate, heptanetriol, sodium chloride , pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンSPring-8 BL44B221
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2002年12月13日
MARRESEARCH2CCD2002年9月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1double undulatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2bending magnetSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→40 Å / Num. all: 12632 / Num. obs: 12632 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 125 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 2024 / Rsym value: 0.603 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
XTALVIEW精密化
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IW6

1iw6


解像度: 3.4→40 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2819 1309 -RANDOM
Rwork0.2295 ---
all-13565 --
obs-12632 93.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 82.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.34 Å20 Å20 Å2
2--17.781 Å20 Å2
3----39.121 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3614 0 40 0 3654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.78
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
3.4-3.520.29121130.2422X-RAY DIFFRACTION8196
3.52-3.660.2811910.2182X-RAY DIFFRACTION8246
3.66-3.830.2629930.2087X-RAY DIFFRACTION9316
3.83-4.030.22981530.1893X-RAY DIFFRACTION12136
4.03-4.280.26691410.2018X-RAY DIFFRACTION12326
4.28-4.610.27061450.2063X-RAY DIFFRACTION12336
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2tra.paramtra.top
X-RAY DIFFRACTION3trb.paramtrb.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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