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万見
- PDB-1uaa: E. COLI REP HELICASE/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1uaa
タイトルE. COLI REP HELICASE/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • PROTEIN (ATP-DEPENDENT DNA HELICASE REP.)
キーワードHYDROLASE/DNA / COMPLEX (HELICASE-DNA) / HELICASE / DNA UNWINDING / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic replisome / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / bacterial-type DNA replication / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA helicase activity ...cytoplasmic replisome / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / bacterial-type DNA replication / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / recombinational repair / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / replication fork processing / DNA helicase activity / response to radiation / single-stranded DNA binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent DNA helicase Rep / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. ...ATP-dependent DNA helicase Rep / Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / PCRA; domain 4 / PCRA; domain 4 / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA helicase Rep
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Korolev, S. / Waksman, G.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Major domain swiveling revealed by the crystal structures of complexes of E. coli Rep helicase bound to single-stranded DNA and ADP.
著者: Korolev, S. / Hsieh, J. / Gauss, G.H. / Lohman, T.M. / Waksman, G.
履歴
登録1997年6月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
A: PROTEIN (ATP-DEPENDENT DNA HELICASE REP.)
B: PROTEIN (ATP-DEPENDENT DNA HELICASE REP.)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,9063
ポリマ－158,9063
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.800, 141.800, 284.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4822.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 PROTEIN (ATP-DEPENDENT DNA HELICASE REP.) / E.C.3.6.1.- / REP HELICASE


分子量: 77042.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
参照: UniProt: P09980, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2NACL11
3TRIS-HCL11
4EDTA11
5GLYCEROL11
6WATER12
7GLYCEROL12
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 %(v/v)glycerol1drop
20.1 M1dropNaCl
350 mMTris-HCl1drop
41 mM1drop
520 mg/mlprotain1drop
62.5 %PEG80001drop
72 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. obs: 57472 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97.3 % / Num. measured all: 434546

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1精密化
精密化解像度: 3→15 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 --
Rwork0.228 --
obs-51675 88 %
原子変位パラメータBiso mean: 41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10087 317 0 0 10404
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.92
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(I): 2 / Rfactor all: 0.235 / Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 41 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.918

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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