PDB-1u9p: Permuted single-chain Arc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u9p

タイトル

Permuted single-chain Arc

要素

pArc

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Arc / pArc

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tabtiang, R.K. / Cezairliyan, B.O. / Grant, R.A. / Cochrane, J.C. / Sauer, R.T.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Consolidating critical binding determinants by noncyclic rearrangement of protein secondary structure
著者: Tabtiang, R.K. / Cezairliyan, B.O. / Grant, R.A. / Cochrane, J.C. / Sauer, R.T.

履歴

登録	2004年8月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u9p.cif.gz	31.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u9p.ent.gz	20.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u9p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1u9p_validation.pdf.gz	420.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1u9p_full_validation.pdf.gz	423 KB	表示
XML形式データ	1u9p_validation.xml.gz	6.7 KB	表示
CIF形式データ	1u9p_validation.cif.gz	8.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/1u9p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u9/1u9p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6q0m-2 5oh9-3 4xxl-d 6qjg-3 3i4w-4 6ubh-3 5ohb-3 1kaf-5 2a6r-2 5ez0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: pArc

13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.181, 62.916, 30.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.69, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	pArc 分子量: 13760.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03050*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, sodium fluoride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	8-BM		1	0.979
回転陽極			RIGAKU RU200	2	1.541

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	1.541	1

反射

解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 8500 / Num. obs: 8500 / % possible obs: 95 % / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 11.5

反射シェル

最高解像度: 1.9 Å / R_sym value: 0.195 / % possible all: 75.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.297	833	random
R_work	0.249	-	-
all	0.253	7859	-
obs	0.253	7859	-

溶媒の処理

B_sol: 56.816 Å² / k_sol: 0.396375 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.594 Å²	0 Å²	-3.276 Å²
2-	-	0.512 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.082 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	782	0	0	53	835

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:water.param
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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