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万見
- PDB-1u9h: Heterocyclic Peptide Backbone Modification in GCN4-pLI Based Coil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u9h
タイトルHeterocyclic Peptide Backbone Modification in GCN4-pLI Based Coiled Coils: Replacement of E(22)L(23)
要素General control protein GCN4
キーワードTRANSCRIPTION / tetrameric alpha-helical coiled coil / heterocycic backbone modification
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Horne, W.S. / Yadav, M.K. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2004
タイトル: Heterocyclic peptide backbone modifications in an alpha-helical coiled coil.
著者: Horne, W.S. / Yadav, M.K. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R.
履歴
登録2004年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General control protein GCN4
B: General control protein GCN4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0502
ポリマ－8,0502
非ポリマー00
水81145
1
A: General control protein GCN4
B: General control protein GCN4

A: General control protein GCN4
B: General control protein GCN4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0994
ポリマ－16,0994
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
Buried area6970 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area7030 Å2
手法PISA, PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.404, 45.404, 90.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-41-

HOH

21B-46-

HOH

詳細The tetramer formed by chains A and B is generated by the two fold axis: y,-x,1/4+z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein


分子量: 4024.800 Da / 分子数: 2 / 変異: (TA4)22E,A23L / 由来タイプ: 合成
詳細: Prepared by Fmoc solid phase peptide synthesis. The sequence of this protein can be found naturally in Saccharomyces cerevisiae (Baker's yeast).
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.75 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.16 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.08 M sodium cacodylate, pH 6.5, 16% w/v PEG 8000, 20% v/v anhydrous glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月8日 / 詳細: osmic confocal mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→45.17 Å / Num. obs: 5435 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.17→2.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→45.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.418 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28418 244 4.5 %RANDOM
Rwork0.24687 ---
all0.24857 ---
obs0.24857 5190 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.136 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→45.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数527 0 0 45 572
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022531
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02529
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0012.059703
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02331235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.88560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.11124.78323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.45115124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.172154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.2558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1020.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2260.229
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.210.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9241.5339
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.211.5127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5352487
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3613240
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7324.5214
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.17→2.226 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 18 -
Rwork0.227 352 -
obs--94.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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