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万見
- PDB-1u9d: Structure of Protein of Unknown Function from Vibrio cholerae O1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u9d
タイトルStructure of Protein of Unknown Function from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
要素hypothetical protein VC0714
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / hypothetical protein / protein structure initiative / PSI / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性Protein of unknown function DUF1904 / Domain of unknown function (DUF1904) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / DUF1904 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Binkowski, T.A. / Wu, R. / Moy, S.F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Hypothetical Protein from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Binkowski, T.A. / Wu, R. / Moy, S.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2004年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). THE AUTHORS SEE A DIMER IN THE ASYMMETRIC UNIT BUT ARE UNSURE OF THE BIOLOGICAL ACTIVITY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein VC0714
B: hypothetical protein VC0714
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0054
ポリマ－27,8152
非ポリマー1902
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: hypothetical protein VC0714
ヘテロ分子

A: hypothetical protein VC0714
ヘテロ分子

A: hypothetical protein VC0714
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0076
ポリマ－41,7223
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA, PQS
3
B: hypothetical protein VC0714
ヘテロ分子

B: hypothetical protein VC0714
ヘテロ分子

B: hypothetical protein VC0714
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0076
ポリマ－41,7223
非ポリマー2853
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)66.006, 66.006, 47.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-263-

HOH

21B-262-

HOH

31B-263-

HOH

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein VC0714


分子量: 13907.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961 (コレラ菌)
生物種: Vibrio cholerae / 株: O1 biovar eltor str. N16961 / 遺伝子: VC0714 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KU16
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 1.2M NaH2P04/0.8M K2HP04, CAPS, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: SBC-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月28日
詳細: Double crystal monochromatic, sagitally focused si(111)
放射モノクロメーター: Sagitally focused si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→56.8 Å / Num. all: 24579 / Num. obs: 23325 / % possible obs: 95.99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
d*TREKデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→56.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.14 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23702 1254 5.1 %RANDOM
Rwork0.18903 ---
all0.19148 24579 --
obs0.19146 23325 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.364 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→56.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 10 153 2115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212004
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021792
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.9392730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86634138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.95242
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022246
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02428
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.2441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.22140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3550.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.11.51212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20421956
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4753792
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7944.5774
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.411 62
Rwork0.359 1140

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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