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万見
- PDB-1u78: Structure of the bipartite DNA-binding domain of Tc3 transposase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u78
タイトルStructure of the bipartite DNA-binding domain of Tc3 transposase bound to transposon DNA
要素
  • (26-MER) x 2
  • transposable element tc3 transposase
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / transposase / transposon DNA / bipartite DNA-binding / HTH-motif / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Tc3 transposase, DNA binding domain / Tc1-like transposase, DDE domain / : / Tc3 transposase / DDE superfamily endonuclease / Transposable element Tc3 transposase, HTH / Homeodomain-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Tc3 transposase, DNA binding domain / Tc1-like transposase, DDE domain / : / Tc3 transposase / DDE superfamily endonuclease / Transposable element Tc3 transposase, HTH / Homeodomain-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transposable element Tc3 transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Watkins, S. / van Pouderoyen, G. / Sixma, T.K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2004
タイトル: Structural analysis of the bipartite DNA-binding domain of Tc3 transposase bound to transposon DNA
著者: Watkins, S. / van Pouderoyen, G. / Sixma, T.K.
履歴
登録2004年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 26-MER
C: 26-MER
A: transposable element tc3 transposase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1873
ポリマ－32,1873
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.681, 93.681, 255.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: DNA鎖 26-MER


分子量: 7948.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 26-MER


分子量: 8028.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 transposable element tc3 transposase / Tc3 transposase


分子量: 16210.938 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-135 / Mutation: E41V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: Tc3 / プラスミド: PET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P34257
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Na acetate, glycerol, DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Na acetate11
2glycerol11
3DTT11
4Na acetate12
5glycerol12
6DTT12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.0749 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→12 Å / Num. all: 18091 / Num. obs: 17820 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 101 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.69→2.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TC3

1tc3


解像度: 2.69→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.488 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27291 954 5.1 %RANDOM
Rwork0.23329 ---
all0.23515 18091 --
obs0.23515 17820 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.441 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.94 Å2-0.97 Å20 Å2
2---1.94 Å20 Å2
3---2.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数816 1060 0 7 1883
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212009
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8972.6142925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9015102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021134
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2843
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2460.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5571.5514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0382829
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.38831495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0664.52096
LS精密化 シェル解像度: 2.689→2.755 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.479 67
Rwork0.456 1188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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