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- PDB-1u6b: CRYSTAL STRUCTURE OF A SELF-SPLICING GROUP I INTRON WITH BOTH EXONS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u6b
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A SELF-SPLICING GROUP I INTRON WITH BOTH EXONS
要素
  • 197-MER
  • 5'-R(*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP *GP*CP*C)-3'
  • 5'-R(*CP*AP*(5MU))-3'
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/RNA / INTRON / EXON / RIBOZYME / GROUP I / U1A / RNA / STRUCTURAL PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Adams, P.L. / Stahley, M.R. / Kosek, A.B. / Wang, J. / Strobel, S.A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of a Self-Splicing Group I Intron with Both Exons.
著者: Adams, P.L. / Stahley, M.R. / Kosek, A.B. / Wang, J. / Strobel, S.A.
#1: ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a Group I Intron Splicing Intermediate
著者: Adams, P.L. / Stahely, M.R. / Gill, M.L. / Berman, C. / Kosek, A.B. / Wang, J. / Strobel, S.A.
#2: ジャーナル: To be published
タイトル: RNA Kink Turns to the Left and to the Right
著者: Strobel, S.A. / Adams, P.L. / Stahley, M.R. / Wang, J.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1981
タイトル: In Vitro Splicing of the Ribosomal RNA Precursor of Tetrahymena: Involvement of a Guanosine Nucleotide in the Excision of Intervening Sequence
著者: Cech, T.R. / Zaug, A.J. / Grabowaski, P.J.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Self-Splicing Intron in tRNA Genes of Widely Divergent Bacteria
著者: Reinhold-Hurek, B. / Shub, D.A.
履歴
登録2004年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年8月10日ID: 1T42
改定 1.02004年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE NUCLEOTIDES 1001B TO 1014B BELONG TO AN ENGINEERED U1A LOOP AND ARE INSERTED BETWEEN GUA- ...SEQUENCE NUCLEOTIDES 1001B TO 1014B BELONG TO AN ENGINEERED U1A LOOP AND ARE INSERTED BETWEEN GUA-107B AND CYT-112B. THERE ARE NO NUCLEOTIDES BETWEEN GUA-1B AND GUA-5B DUE TO A CLONING DESIGN. O2' OF DEOXY MODIFICATION OF RNA NUCLEOTIDES ARE INCLUDED WITH Q=0.00 AND B=0.00. THEY ARE AT GUA-206C, CYT-1C, CYT-205C, AND THY-1D. CHAINS B AND C ARE TWO PARTS OF THE ORIGINAL ONE INTRON SEQUENCE BECAUSE OF AN EXPERIMENTAL DESIGN. THE U1A PROTEIN USED IN THIS STUDY WAS A DOUBLE MUTANT IN WHICH TYR-31/GLN-36 WAS REPLACED WITH HIS-31/ARG-36. THE FIRST THREE RESIDUES IN U1A PROTEIN WERE MISSING IN THE STRUCTURE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 197-MER
C: 5'-R(*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP *GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*CP*AP*(5MU))-3'
A: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,86422
ポリマ－83,3524
非ポリマー51118
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.541, 108.541, 249.158
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#1: RNA鎖 197-MER


分子量: 64057.023 Da / 分子数: 1 / 断片: GROUP I INTRON / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA WAS IS TRANSCRIBED BY T7 RNA POLYMERASE.
#2: RNA鎖 5'-R(*AP*AP*GP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*AP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*GP *GP*CP*C)-3'


分子量: 7045.354 Da / 分子数: 1 / 断片: GROUP I EXON / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 5'-R(*CP*AP*(5MU))-3'


分子量: 909.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#4: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1 snRNP protein A / U1A protein / U1-A


分子量: 11340.315 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y31H,Q36R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / プラスミド: PET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012

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非ポリマー , 3種, 72分子

#5: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.06 %
結晶化pH: 6.8 / 詳細: pH 6.80

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 24640

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→48.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.881 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 22.65 / SU ML: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.805 / ESU R Free: 0.444 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27867 1086 4.4 %RANDOM
Rwork0.24572 ---
obs0.24712 23553 89.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 80.422 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6 Å20 Å20 Å2
2--0.6 Å20 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数775 4768 18 54 5615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0216118
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3332.8839357
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.257594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21000
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.22607
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1390.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1540.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1310.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1583.5476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1364771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42555642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2888586
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.267 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.375 131
Rwork0.32 2660
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 42.8243 Å / Origin y: 86.5701 Å / Origin z: 61.9647 Å
111213212223313233
T0.3316 Å2-0.1263 Å20.2437 Å2-0.1048 Å2-0.0604 Å2--0.2601 Å2
L0.7126 °2-0.1026 °20.1122 °2--0.0291 °2-0.0227 °2--0.1295 °2
S-0.1133 Å °0.0084 Å °-0.3508 Å °-0.0406 Å °0.0706 Å °-0.0343 Å °-0.0699 Å °0.0939 Å °0.0426 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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