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万見
- PDB-1u2x: Crystal Structure of a Hypothetical ADP-dependent Phosphofructoki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u2x
タイトルCrystal Structure of a Hypothetical ADP-dependent Phosphofructokinase from Pyrococcus horikoshii OT3
要素ADP-specific phosphofructokinase
キーワードTRANSFERASE / ADP-Pfk / Pyrococcus / Midwest Center for Structural Genomics / APC5054 / protein structure initiative / PSI / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


ADP-specific phosphofructokinase / ADP-specific phosphofructokinase activity / phosphofructokinase activity / fructose metabolic process / glycolytic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-specific phosphofructokinase, archaeal / Adenosine kinase, small domain - #20 / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase / ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region / ADP-dependent kinase (ADPK) domain profile. / Adenosine kinase, small domain / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...ADP-specific phosphofructokinase, archaeal / Adenosine kinase, small domain - #20 / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase, archaeal / ADP-specific phosphofructokinase/glucokinase / ADP-specific Phosphofructokinase/Glucokinase conserved region / ADP-dependent kinase (ADPK) domain profile. / Adenosine kinase, small domain / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADP-specific phosphofructokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wong, A.H.Y. / Jia, Z. / Skarina, T. / Walker, J.R. / Arrowsmith, C. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: ADP-dependent 6-phosphofructokinase from Pyrococcus horikoshii OT3: structure determination and biochemical characterization of PH1645.
著者: Currie, M.A. / Merino, F. / Skarina, T. / Wong, A.H. / Singer, A. / Brown, G. / Savchenko, A. / Caniuguir, A. / Guixe, V. / Yakunin, A.F. / Jia, Z.
履歴
登録2004年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月17日Group: Database references
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-specific phosphofructokinase
B: ADP-specific phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9305
ポリマ－109,6412
非ポリマー2883
水14,628812
1
A: ADP-specific phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9172
ポリマ－54,8211
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ADP-specific phosphofructokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,0133
ポリマ－54,8211
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.065, 99.932, 82.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Each single molecule is the functional biological unit.

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要素

#1: タンパク質 ADP-specific phosphofructokinase / ADP-dependent phosphofructokinase / ADP-Pfk


分子量: 54820.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O59355, ADP-specific phosphofructokinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 812 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% PEG4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M LiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.96396, 0.97918, 0.97943
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.963961
20.979181
30.979431
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 69682 / Num. obs: 69682 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / Num. unique all: 6913 / Rsym value: 0.343 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→39.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.231 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.162
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: The structure was refined also with CNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22592 3508 5 %RANDOM
Rwork0.17418 ---
all0.199 65970 --
obs0.17678 65970 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7316 0 15 812 8143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0227470
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027014
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9851.97710076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.977316290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5995898
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21717
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.28424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.24489
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2350.2560
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3380.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2880.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3771.54482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.45927264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.97832988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4434.52812
LS精密化 シェル解像度: 1.996→2.048 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.272 239
Rwork0.226 4663

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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