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万見
- PDB-1u2v: Crystal structure of Arp2/3 complex with bound ADP and calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u2v
タイトルCrystal structure of Arp2/3 complex with bound ADP and calcium
要素
  • (Actin-Related Protein ...) x 2
  • (Arp2/3 Complex ...) x 5
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle cell projection membrane / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / positive regulation of actin filament polymerization ...muscle cell projection membrane / EPHB-mediated forward signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / regulation of actin filament polymerization / Clathrin-mediated endocytosis / Neutrophil degranulation / positive regulation of actin filament polymerization / cilium assembly / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of lamellipodium assembly / actin filament polymerization / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell projection / structural constituent of cytoskeleton / actin filament binding / synaptic vesicle membrane / cell migration / site of double-strand break / lamellipodium / actin binding / cell cortex / neuron projection / postsynapse / endosome / focal adhesion / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Yope Regulator; Chain: A, - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 ...Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Yope Regulator; Chain: A, - #20 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit ARPC3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 superfamily / Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc / ARP2/3 complex ARPC3 (21 kDa) subunit / ARP2/3 complex 20 kDa subunit (ARPC4) / Yope Regulator; Chain: A, / Actin; Chain A, domain 2 / Actin; Chain A, domain 2 / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / ATPase, nucleotide binding domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha Horseshoe / WD domain, G-beta repeat / Roll / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Actin-related protein 2 / Actin-related protein 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Nolen, B.J. / Littlefield, R.S. / Pollard, T.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of actin-related protein 2/3 complex with bound ATP or ADP
著者: Nolen, B.J. / Littlefield, R.S. / Pollard, T.D.
履歴
登録2004年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-Related Protein 3
B: Actin-Related Protein 2
C: Arp2/3 Complex 41Kda Subunit
D: Arp2/3 Complex 34Kda Subunit
E: Arp2/3 Complex 21Kda Subunit
F: Arp2/3 Complex 20Kda Subunit
G: Arp2/3 Complex 16kDa Subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,12510
ポリマ－224,2317
非ポリマー8943
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21230 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area70940 Å2
手法PISA
2
A: Actin-Related Protein 3
D: Arp2/3 Complex 34Kda Subunit
E: Arp2/3 Complex 21Kda Subunit
ヘテロ分子

B: Actin-Related Protein 2
C: Arp2/3 Complex 41Kda Subunit
F: Arp2/3 Complex 20Kda Subunit
G: Arp2/3 Complex 16kDa Subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,12510
ポリマ－224,2317
非ポリマー8943
水1267
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area17520 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area74660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.3, 129.3, 204.7
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Actin-Related Protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Actin-Related Protein 3 / Actin-like protein 3 / Actin-2


分子量: 47428.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: thymus / 参照: UniProt: P61157
#2: タンパク質 Actin-Related Protein 2


分子量: 44818.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: thymus / 参照: UniProt: A7MB62*PLUS

-
Arp2/3 Complex ... , 5種, 5分子 CDEFG

#3: タンパク質 Arp2/3 Complex 41Kda Subunit


分子量: 41016.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: thymus / 参照: UniProt: Q58CQ2*PLUS
#4: タンパク質 Arp2/3 Complex 34Kda Subunit


分子量: 34402.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: thymus / 参照: UniProt: Q3MHR7*PLUS
#5: タンパク質 Arp2/3 Complex 21Kda Subunit


分子量: 20572.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: thymus / 参照: UniProt: Q3T035*PLUS
#6: タンパク質 Arp2/3 Complex 20Kda Subunit


分子量: 19697.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: thymus / 参照: UniProt: Q148J6*PLUS
#7: タンパク質 Arp2/3 Complex 16kDa Subunit


分子量: 16295.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: thymus / 参照: UniProt: Q3SYX9*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 317分子

#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Hepes, potassium thiocyanate, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.07018 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07018 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→30 Å / Num. all: 90970 / Num. obs: 90833 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Rsym value: 0.232 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.258 4565 RANDOM
Rwork0.223 --
all0.225 90833 -
obs0.225 90833 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13553 0 55 314 13922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0064

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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