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- PDB-1u25: Crystal structure of Selenomonas ruminantium phytase complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u25
タイトルCrystal structure of Selenomonas ruminantium phytase complexed with persulfated phytate in the C2221 crystal form
要素myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
キーワードHYDROLASE / PTP / P-loop / phytase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #1690 / Inositol hexakisphosphate / Inositol hexakisphosphate / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like ...Alpha-Beta Plaits - #1690 / Inositol hexakisphosphate / Inositol hexakisphosphate / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / Myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Selenomonas ruminantium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chu, H.M. / Guo, R.T. / Lin, T.W. / Chou, C.C. / Shr, H.L. / Lai, H.L. / Tang, T.Y. / Cheng, K.J. / Selinger, B.L. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Structures of Selenomonas ruminantium Phytase in Complex with Persulfated Phytate; DSP Phytase Fold and Mechanism for Sequential Substrate Hydrolysis
著者: Chu, H.M. / Guo, R.T. / Lin, T.W. / Chou, C.C. / Shr, H.L. / Lai, H.L. / Tang, T.Y. / Cheng, K.J. / Selinger, B.L. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2004年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
B: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
C: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,0046
ポリマ－117,0233
非ポリマー1,9823
水16,952941
1
A: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3293
ポリマ－39,0081
非ポリマー1,3212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0081
ポリマ－39,0081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6682
ポリマ－39,0081
非ポリマー6611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.376, 228.745, 91.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2404-

HOH

21A-2581-

HOH

31A-2763-

HOH

41A-2779-

HOH

51A-2985-

HOH

61A-3200-

HOH

71C-2551-

HOH

81C-2931-

HOH

91C-3204-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 myo-inositol hexaphosphate phosphohydrolase / phytase


分子量: 39007.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Selenomonas ruminantium (バクテリア)
プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7WUJ1, EC: 3.1.3.72
#2: 化合物 ChemComp-IHS / D-MYO-INOSITOL-HEXASULPHATE / myo-イノシト-ルヘキサスルファ-ト


分子量: 660.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O24S6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 941 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.035 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M LiCl, 0.05M CAPSO, 12% PEG6000, 2% PEG200, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1.0362 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月15日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0362 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→50 Å / Num. all: 47108 / Num. obs: 37388 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.44→2.53 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→35.21 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.265 1878 random
Rwork0.179 --
all-47108 -
obs-37388 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7603 0 108 941 8652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.024
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 133 -
Rwork0.266 --
obs-4744 64.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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