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- PDB-1u1y: Crystal structure of a complex between WT bacteriophage MS2 coat ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u1y
タイトルCrystal structure of a complex between WT bacteriophage MS2 coat protein and an F5 aptamer RNA stemloop with 2aminopurine substituted at the-10 position
要素
  • 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
  • Coat protein
キーワードVirus/RNA / Complex (Capsid protein-RNA hairpin) / Hairpin / Capsid / Levivirus / Icosahedral virus / Virus-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Horn, W.T. / Convery, M.A. / Stonehouse, N.J. / Adams, C.J. / Liljas, L. / Phillips, S.E. / Stockley, P.G.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2004
タイトル: The crystal structure of a high affinity RNA stem-loop complexed with the bacteriophage MS2 capsid: further challenges in the modeling of ligand-RNA interactions.
著者: Horn, W.T. / Convery, M.A. / Stonehouse, N.J. / Adams, C.J. / Liljas, L. / Phillips, S.E. / Stockley, P.G.
履歴
登録2004年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1445
ポリマ－52,1445
非ポリマー00
水2,864159
1
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,128,646300
ポリマ－3,128,646300
非ポリマー00
水5,405300
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 261 kDa, 25 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,72125
ポリマ－260,72125
非ポリマー00
水45025
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 313 kDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,86530
ポリマ－312,86530
非ポリマー00
水54030
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
R: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
S: 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'
A: Coat protein
B: Coat protein
C: Coat protein
x 10


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 521 kDa, 50 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)521,44150
ポリマ－521,44150
非ポリマー00
水90150
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation9
単位格子
Length a, b, c (Å)288.610, 288.610, 654.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.5, -0.8660254, 7.9E-7), (0.6454967, 0.3726783, 0.66666701), (-0.57735086, -0.33333299, 0.74535569)
3generate(-0.30901699, -0.75576184, -0.57734958), (0.17841019, -0.64234953, 0.74535688), (-0.93417252, 0.12732289, 0.33333254)
4generate(-0.30901699, 0.17841019, -0.93417252), (-0.75576184, -0.64234953, 0.12732289), (-0.57734958, 0.74535688, 0.33333254)
5generate(0.5, 0.6454967, -0.57735086), (-0.8660254, 0.3726783, -0.33333299), (7.9E-7, 0.66666701, 0.74535569)
6generate(0.30901699, -0.75576184, -0.57734958), (-0.75576184, -0.5636604, 0.33333317), (-0.57734958, 0.33333317, -0.7453566)
7generate(-0.35682294, -0.93417203), (-0.93417203, 0.33333401, -0.12732261), (0.35682294, 0.87267739, -0.33333401)
8generate(0.30901699, 0.17841019, -0.93417252), (-0.17841019, 0.97568389, 0.12732142), (0.93417252, 0.12732142, 0.3333331)
9generate(0.80901699, 0.11026356, -0.57735037), (0.4670865, 0.47568355, 0.74535586), (0.35682166, -0.87267813, 0.33333345)
10generate(0.80901699, -0.4670865, -0.35682166), (0.11026356, -0.47568355, 0.87267813), (-0.57735037, -0.74535586, -0.33333345)

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*CP*GP*GP*(2PR)P*GP*GP*AP*UP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*G)-3'


分子量: 5464.358 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Coat protein


分子量: 13738.464 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
属: Levivirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03612
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: MS2 coat protein in 1.25% or 1.5% PEG 8K, sodium phosphate buffer., pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.244 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.244 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 170082 / % possible obs: 60.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.85→3.02 Å / % possible all: 71.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2MS2

2ms2


解像度: 2.85→30 Å / Isotropic thermal model: Group / 交差検証法: Random / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 7130 -Throughout
Rwork0.188 ---
all0.188 ---
obs0.188 170082 71.2 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 704 0 159 3755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
LS精密化 シェル解像度: 2.85→3.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 380 -
Rwork0.344 --
obs--0.238 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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