PDB-1u1g: Structure of E. coli uridine phosphorylase complexed to 5-(m-(ben...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u1g

タイトル

Structure of E. coli uridine phosphorylase complexed to 5-(m-(benzyloxy)benzyl)barbituric acid (BBBA)

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / PYRIMIDINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / URIDINE SALVAGE / UDP / 5-(m-(BENZYLOXY)BENZYL)ACYCLOURIDINE / BBBA

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP catabolic process / uridine catabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Bu, W. / Settembre, E.C. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structural basis for inhibition of Escherichia coli uridine phosphorylase by 5-substituted acyclouridines.
著者: Bu, W. / Settembre, E.C. / el Kouni, M.H. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2004年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u1g.cif.gz	297 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u1g.ent.gz	239.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u1g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u1cC 1u1dC 1u1eC 1u1fC 1tgv 1tgw PDB 未公開エントリ 1tgy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rxc-1 1u1e-d 5c80-d 4ny1-1 1u1c-d 1rxu-3 2iq5-1 1rxu-2 1y1s-d 4oeh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

E: Uridine phosphorylase

F: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

167 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.677, 127.124, 143.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 90 - 220 / Label seq-ID: 93 - 223

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase / E.C.2.4.2.3 / UrdPase / UPase 分子量: 27471.334 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UDP, B3831 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-BBB / 1-((2-HYDROXYETHOXY)METHYL)-5-(3-(BENZYLOXY)BENZYL)-6-HYDROXYPYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE 分子量: 398.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₂N₂O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 4000, MES, GLYCEROL, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→49.39 Å / Num. all: 118727 / Num. obs: 118727 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 71.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
MOSFLM		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 4.475 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22148	8161	7 %	RANDOM
R_work	0.19968	-	-	-
all	0.20121	107629	-	-
obs	0.20121	107629	98.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11156	0	177	692	12025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	11530
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.897	1.966	15659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.423	5	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8558
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.152	0.2	4596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.071	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.122	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.054	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.108	1.5	7395
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.21	2	11898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.378	3	4135
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.675	4.5	3761
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	520	medium positional	0.09	0.5
2	B	520	medium positional	0.07	0.5
3	C	520	medium positional	0.07	0.5
4	D	520	medium positional	0.06	0.5
5	E	520	medium positional	0.05	0.5
6	F	520	medium positional	0.06	0.5
1	A	444	loose positional	0.16	5
2	B	444	loose positional	0.15	5
3	C	444	loose positional	0.14	5
4	D	444	loose positional	0.12	5
5	E	444	loose positional	0.13	5
6	F	444	loose positional	0.13	5
1	A	520	medium thermal	0.12	2
2	B	520	medium thermal	0.09	2
3	C	520	medium thermal	0.12	2
4	D	520	medium thermal	0.09	2
5	E	520	medium thermal	0.07	2
6	F	520	medium thermal	0.1	2
1	A	444	loose thermal	0.36	10
2	B	444	loose thermal	0.42	10
3	C	444	loose thermal	0.34	10
4	D	444	loose thermal	0.33	10
5	E	444	loose thermal	0.31	10
6	F	444	loose thermal	0.33	10

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.29	421
R_work	0.248	5540

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6541	-0.1299	0.3101	1.5742	0.0425	1.1608	-0.005	-0.0665	-0.9633	0.2217	0.0785	0.0652	0.213	0.0588	-0.0735	0.1184	0.0326	0.0246	0.0305	-0.0313	0.4172	-1.1985	166.8931	17.9513
2	1.9027	-0.4171	0.2069	1.3072	-0.4155	0.8544	0.1172	0.6063	-0.9129	-0.2749	-0.021	0.2991	0.2655	0.0747	-0.0962	0.1573	0.0288	-0.0441	0.3085	-0.4244	0.5927	-4.1064	163.2607	-7.4062
3	1.685	0.1592	0.5848	1.8712	0.1347	1.2739	-0.1515	-0.3008	-0.0113	0.5099	0.063	0.0976	-0.1292	-0.2052	0.0884	0.2289	0.0722	0.0077	0.0648	-0.0082	0.0537	-3.6471	195.9104	29.2577
4	1.6776	-0.138	-0.0653	1.5486	-0.0626	1.9698	-0.1682	0.0491	0.3947	0.2295	0.07	-0.1981	-0.486	0.1803	0.0981	0.239	-0.0383	-0.1019	0.0667	0.0192	0.1222	3.2225	215.6555	13.7522
5	2.2383	-0.3112	0.6276	1.7918	0.1047	2.0162	-0.1673	0.8875	0.3354	-0.419	0.004	-0.0703	-0.4189	0.3451	0.1633	0.2673	-0.1581	-0.0305	0.5056	0.1143	0.0829	0.5437	211.3799	-17.3103
6	1.6923	-0.3685	0.4583	2.1657	-0.4642	0.9346	0.1165	1.0995	-0.3034	-0.719	-0.1286	-0.0873	0.0864	0.5489	0.0121	0.3262	0.0228	0.0423	0.8715	-0.2775	0.138	3.1977	187.3095	-26.5327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 225	7 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	231 - 253	234 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 253	6 - 256
4	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	4 - 253	7 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	4 - 253	7 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	3 - 225	6 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	230 - 253	233 - 256
8	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	4 - 253	7 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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