PDB-1u1d: Structure of e. coli uridine phosphorylase complexed to 5-(phenyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1u1d

タイトル

Structure of e. coli uridine phosphorylase complexed to 5-(phenylthio)acyclouridine (ptau)

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / PYRIMIDINE NUCLEOSIDE PHOSPHORYLASE / URIDINE SALVAGE / PTAU / 5-(PHENYLTHIO)ACYCLOURIDINE

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP catabolic process / uridine catabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Bu, W. / Settembre, E.C. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structural basis for inhibition of Escherichia coli uridine phosphorylase by 5-substituted acyclouridines.
著者: Bu, W. / Settembre, E.C. / el Kouni, M.H. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2004年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1u1d.cif.gz	293.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1u1d.ent.gz	236.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1u1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/1u1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u1cC 1u1eC 1u1fC 1u1gC 1tgv 1tgw PDB 未公開エントリ 1tgy C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1u1f-d 4h1t-d 4ip0-d 2rj3-d 4of4-1 1rxu-1 4ogk-d 1tgy-1 4oeh-d 2hn9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

E: Uridine phosphorylase

F: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

167 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.150, 125.746, 140.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Cell setting	orthorhombic
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 90 - 220 / Label seq-ID: 93 - 223

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase / E.C.2.4.2.3 / UrdPase / UPase 分子量: 27471.334 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: UDP, B3831 / プラスミド: pET-28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-181 / 1-((2-HYDROXYETHOXY)METHYL)-5-(PHENYLTHIO)PYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 5-(フェニルチオ)アシクロウリジン分子量: 294.326 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₄N₂O₄S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 506 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 4000, MES, GLYCEROL, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.14 Å / Num. all: 109591 / Num. obs: 109591 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 %
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
MOSFLM		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.001→47.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 5.126 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22635	10646	10 %	RANDOM
R_work	0.20925	-	-	-
all	0.21098	95324	-	-
obs	0.21098	95324	96.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.028 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.63 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→47.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11273	0	153	506	11932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.021	11615
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.891	1.962	15777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.818	5	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1883
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	8636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.161	0.2	5912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.091	0.2	840
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.117	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.104	1.5	7459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.204	2	12010
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.366	3	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.614	4.5	3767
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	520	tight positional	0.01	0.05
2	B	520	tight positional	0.01	0.05
3	C	520	tight positional	0.01	0.05
4	D	520	tight positional	0.01	0.05
5	E	520	tight positional	0.01	0.05
6	F	520	tight positional	0.01	0.05
1	A	444	medium positional	0.08	0.5
2	B	444	medium positional	0.08	0.5
3	C	444	medium positional	0.08	0.5
4	D	444	medium positional	0.07	0.5
5	E	444	medium positional	0.08	0.5
6	F	444	medium positional	0.08	0.5
1	A	520	tight thermal	0.02	0.5
2	B	520	tight thermal	0.01	0.5
3	C	520	tight thermal	0.02	0.5
4	D	520	tight thermal	0.01	0.5
5	E	520	tight thermal	0.01	0.5
6	F	520	tight thermal	0.01	0.5
1	A	444	medium thermal	0.13	2
2	B	444	medium thermal	0.13	2
3	C	444	medium thermal	0.12	2
4	D	444	medium thermal	0.12	2
5	E	444	medium thermal	0.12	2
6	F	444	medium thermal	0.1	2

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.289	739
R_work	0.266	6478

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.109	-0.0026	0.2558	1.5754	0.3733	1.3467	0.0102	-0.144	-1.1038	0.3125	0.0946	-0.0501	0.2171	0.0757	-0.1048	0.1316	0.0302	-0.003	0.0395	-0.0094	0.4703	-0.9701	164.6506	17.5189
2	1.8528	-0.2906	0.1961	1.4841	-0.1774	0.9232	0.0807	0.6356	-0.8901	-0.2088	-0.0042	0.2507	0.1453	0.0803	-0.0765	0.0852	0.0087	-0.0322	0.3078	-0.4112	0.5767	-3.8751	161.379	-7.1847
3	1.8444	0.4842	0.7289	2.1463	0.4906	1.3643	-0.1112	-0.3199	0.0027	0.5187	0.0264	0.134	-0.1015	-0.2351	0.0848	0.2603	0.0645	0.0051	0.0885	-0.0174	0.0549	-3.4732	193.735	28.7123
4	2.0294	-0.0465	0.1098	1.6808	0.3454	1.9241	-0.2413	0.0855	0.5398	0.0671	0.1371	-0.1459	-0.486	0.1677	0.1042	0.286	-0.0393	-0.1189	0.0732	0.0215	0.1825	3.2234	212.9774	13.4805
5	2.1452	-0.1791	0.5244	1.897	0.3328	2.0639	-0.2698	1.0573	0.4518	-0.5767	0.1285	0.0107	-0.5741	0.3132	0.1414	0.4501	-0.2421	-0.0955	0.6165	0.2083	0.144	0.435	208.5877	-17.2514
6	1.8865	-0.2533	0.3634	2.709	-0.0169	1.0237	0.0032	1.249	-0.2784	-0.8507	-0.0009	-0.0917	-0.1471	0.5106	-0.0023	0.4013	-0.0956	0.0337	0.9566	-0.2313	0.1067	3.409	184.961	-26.0698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 253	4 - 256
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 253	6 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	4 - 253	7 - 256
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	4 - 253	7 - 256
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	3 - 253	6 - 256
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	4 - 253	7 - 256

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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