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- PDB-1u11: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase) from the ac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u11
タイトルPurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase) from the acidophile Acetobacter aceti
要素PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
キーワードLYASE / acidophile / PurE / protein stability
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter aceti (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Settembre, E.C. / Chittuluru, J.R. / Mill, C.P. / Kappock, T.J. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Acidophilic adaptations in the structure of Acetobacter aceti N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase (PurE).
著者: Settembre, E.C. / Chittuluru, J.R. / Mill, C.P. / Kappock, T.J. / Ealick, S.E.
履歴
登録2004年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
B: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8874
ポリマ－37,5032
非ポリマー3842
水4,720262
1
A: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
B: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
ヘテロ分子

A: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
B: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
ヘテロ分子

A: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
B: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
ヘテロ分子

A: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
B: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,54916
ポリマ－150,0128
非ポリマー1,5378
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area35420 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area37160 Å2
手法PISA, PQS
2
A: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
B: PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,09832
ポリマ－300,02416
非ポリマー3,07416
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_653-x+1,y,-z-21
crystal symmetry operation6_563x,-y+1,-z-21
crystal symmetry operation7_553y,x,-z-21
crystal symmetry operation8_663-y+1,-x+1,-z-21
Buried area73940 Å2
ΔGint-344 kcal/mol
Surface area71230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.250, 99.250, 164.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-680-

HOH

詳細octamer generated with X,Y,Z and Y,-X+1,Z and -Y+1,X,Z and -X+1,-Y+1,Z

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要素

#1: タンパク質 PurE (N5-carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase)


分子量: 18751.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 遺伝子: PurE / プラスミド: pET-23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2QJL3
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 22% PEG4K, 0.19 M AMMONIUM ACETATE, 90 mM CITRATE, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 59415 / Num. obs: 59415 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→50 Å / 交差検証法: RANDOM / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.199 5941 throughout
Rwork0.189 --
all0.189 59415 -
obs0.189 59415 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2326 0 26 262 2614

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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