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- PDB-1u07: Crystal Structure of the 92-residue C-term. part of TonB with sig... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u07
タイトルCrystal Structure of the 92-residue C-term. part of TonB with significant structural changes compared to shorter fragments
要素TonB protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / beta-hairpin
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / cell envelope / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter complex / cell outer membrane ...receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / energy transducer activity / cell envelope / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / plasma membrane protein complex / transmembrane transporter complex / cell outer membrane / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular iron ion homeostasis / protein domain specific binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TolA/TonB C-terminal domain / TonB / : / TonB polyproline region / TonB C-terminal domain profile. / Gram-negative bacterial TonB protein / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB/TolA, C-terminal / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.13 Å
データ登録者Koedding, J. / Killig, F. / Polzer, P. / Howard, S.P. / Diederichs, K. / Welte, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a 92-residue c-terminal fragment of TonB from Escherichia coli reveals significant conformational changes compared to structures of smaller TonB fragments
著者: Koedding, J. / Killig, F. / Polzer, P. / Howard, S.P. / Diederichs, K. / Welte, W.
履歴
登録2004年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TonB protein
B: TonB protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1852
ポリマ－20,1852
非ポリマー00
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.580, 49.320, 72.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細putative dimer

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要素

#1: タンパク質 TonB protein


分子量: 10092.567 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tonb / プラスミド: pTB92 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02929
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100mM imidazole, 1.1M sodium citrate, 100mM NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月20日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→10 Å / Num. all: 65348 / Num. obs: 65348 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.54 % / Biso Wilson estimate: 15.994 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 12.68
反射 シェル解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 1.73 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique all: 2763 / % possible all: 78.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.13→10 Å / Num. parameters: 15000 / Num. restraintsaints: 18590 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: free R / σ(F): -3 / σ(I): -3
StereochEM target val spec case: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: structure was solved with MAD on a Seleno-Met crystal at 2A. This entry is based on the high resolution data measured at 0.95372A wavelength. Anisotropic scaling applied by the method of ...詳細: structure was solved with MAD on a Seleno-Met crystal at 2A. This entry is based on the high resolution data measured at 0.95372A wavelength. Anisotropic scaling applied by the method of parkin, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2781 5 %RANDOM
Rwork0.137 ---
all0.139 55631 --
obs0.139 55631 99.9 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 15 / Occupancy sum hydrogen: 1445.46 / Occupancy sum non hydrogen: 1605.46
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.13→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1464 0 0 198 1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0269
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.077
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.101
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.066
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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