[日本語] English
万見
- PDB-1tzn: Crystal Structure of the Anthrax Toxin Protective Antigen Heptame... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tzn
タイトルCrystal Structure of the Anthrax Toxin Protective Antigen Heptameric Prepore bound to the VWA domain of CMG2, an anthrax toxin receptor
要素
  • Anthrax toxin receptor 2
  • Protective antigen
キーワードTOXIN RECEPTOR/TOXIN / heptamer / TOXIN RECEPTOR-TOXIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / endosome membrane / endoplasmic reticulum membrane ...positive regulation of apoptotic process in another organism / host cell cytosol / negative regulation of MAPK cascade / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / endosome membrane / endoplasmic reticulum membrane / host cell plasma membrane / cell surface / extracellular region / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Anthrax toxin receptor / Anthrax toxin receptor, C-terminal / Anthrax toxin receptor, extracellular domain / Anthrax receptor C-terminus region / Anthrax receptor extracellular domain / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain ...Anthrax toxin receptor / Anthrax toxin receptor, C-terminal / Anthrax toxin receptor, extracellular domain / Anthrax receptor C-terminus region / Anthrax receptor extracellular domain / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen / Anthrax toxin receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. (炭疽菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Lacy, D.B. / Wigelsworth, D.J. / Melnyk, R.A. / Collier, R.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structure of heptameric protective antigen bound to an anthrax toxin receptor: A role for receptor in pH-dependent pore formation
著者: Lacy, D.B. / Wigelsworth, D.J. / Melnyk, R.A. / Harrison, S.C. / Collier, R.J.
履歴
登録2004年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protective antigen
a: Anthrax toxin receptor 2
B: Protective antigen
b: Anthrax toxin receptor 2
C: Protective antigen
c: Anthrax toxin receptor 2
D: Protective antigen
d: Anthrax toxin receptor 2
E: Protective antigen
e: Anthrax toxin receptor 2
F: Protective antigen
f: Anthrax toxin receptor 2
G: Protective antigen
g: Anthrax toxin receptor 2
H: Protective antigen
h: Anthrax toxin receptor 2
I: Protective antigen
i: Anthrax toxin receptor 2
J: Protective antigen
j: Anthrax toxin receptor 2
K: Protective antigen
k: Anthrax toxin receptor 2
L: Protective antigen
l: Anthrax toxin receptor 2
M: Protective antigen
m: Anthrax toxin receptor 2
O: Protective antigen
o: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,161,50070
ポリマ－1,160,03728
非ポリマー1,46242
水00
1
A: Protective antigen
a: Anthrax toxin receptor 2
B: Protective antigen
b: Anthrax toxin receptor 2
C: Protective antigen
c: Anthrax toxin receptor 2
D: Protective antigen
d: Anthrax toxin receptor 2
E: Protective antigen
e: Anthrax toxin receptor 2
F: Protective antigen
f: Anthrax toxin receptor 2
O: Protective antigen
o: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)580,75035
ポリマ－580,01914
非ポリマー73121
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41440 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area212150 Å2
手法PISA
2
G: Protective antigen
g: Anthrax toxin receptor 2
H: Protective antigen
h: Anthrax toxin receptor 2
I: Protective antigen
i: Anthrax toxin receptor 2
J: Protective antigen
j: Anthrax toxin receptor 2
K: Protective antigen
k: Anthrax toxin receptor 2
L: Protective antigen
l: Anthrax toxin receptor 2
M: Protective antigen
m: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)580,75035
ポリマ－580,01914
非ポリマー73121
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41500 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area212100 Å2
手法PISA
3
A: Protective antigen
a: Anthrax toxin receptor 2
B: Protective antigen
b: Anthrax toxin receptor 2
C: Protective antigen
c: Anthrax toxin receptor 2
D: Protective antigen
d: Anthrax toxin receptor 2
E: Protective antigen
e: Anthrax toxin receptor 2
F: Protective antigen
f: Anthrax toxin receptor 2
O: Protective antigen
o: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子

G: Protective antigen
g: Anthrax toxin receptor 2
H: Protective antigen
h: Anthrax toxin receptor 2
I: Protective antigen
i: Anthrax toxin receptor 2
J: Protective antigen
j: Anthrax toxin receptor 2
K: Protective antigen
k: Anthrax toxin receptor 2
L: Protective antigen
l: Anthrax toxin receptor 2
M: Protective antigen
m: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,161,50070
ポリマ－1,160,03728
非ポリマー1,46242
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area83520 Å2
ΔGint-350 kcal/mol
Surface area423680 Å2
手法PISA
4
A: Protective antigen
a: Anthrax toxin receptor 2
B: Protective antigen
b: Anthrax toxin receptor 2
C: Protective antigen
c: Anthrax toxin receptor 2
D: Protective antigen
d: Anthrax toxin receptor 2
E: Protective antigen
e: Anthrax toxin receptor 2
F: Protective antigen
f: Anthrax toxin receptor 2
O: Protective antigen
o: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子

G: Protective antigen
g: Anthrax toxin receptor 2
H: Protective antigen
h: Anthrax toxin receptor 2
I: Protective antigen
i: Anthrax toxin receptor 2
J: Protective antigen
j: Anthrax toxin receptor 2
K: Protective antigen
k: Anthrax toxin receptor 2
L: Protective antigen
l: Anthrax toxin receptor 2
M: Protective antigen
m: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,161,50070
ポリマ－1,160,03728
非ポリマー1,46242
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_445x-1,y-1,z1
Buried area88780 Å2
ΔGint-344 kcal/mol
Surface area418420 Å2
手法PISA
5
A: Protective antigen
a: Anthrax toxin receptor 2
B: Protective antigen
b: Anthrax toxin receptor 2
C: Protective antigen
c: Anthrax toxin receptor 2
D: Protective antigen
d: Anthrax toxin receptor 2
E: Protective antigen
e: Anthrax toxin receptor 2
F: Protective antigen
f: Anthrax toxin receptor 2
O: Protective antigen
o: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子

G: Protective antigen
g: Anthrax toxin receptor 2
H: Protective antigen
h: Anthrax toxin receptor 2
I: Protective antigen
i: Anthrax toxin receptor 2
J: Protective antigen
j: Anthrax toxin receptor 2
K: Protective antigen
k: Anthrax toxin receptor 2
L: Protective antigen
l: Anthrax toxin receptor 2
M: Protective antigen
m: Anthrax toxin receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,161,50070
ポリマ－1,160,03728
非ポリマー1,46242
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_544x,y-1,z-11
Buried area84170 Å2
ΔGint-346 kcal/mol
Surface area423030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.800, 158.846, 214.084
Angle α, β, γ (deg.)69.58, 69.07, 65.58
Int Tables number1
Cell settingtriclinic
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is one heptamer

-
要素

#1: タンパク質
Protective antigen / pXO1-110 / PA-83 / PA83


分子量: 63019.012 Da / 分子数: 14 / 断片: 63-kDa domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 生物種: Bacillus anthracis / 株: A2012 / 遺伝子: pagA / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21.DE3 Star / 参照: UniProt: P13423
#2: タンパク質
Anthrax toxin receptor 2 / capillary morphogenesis protein 2 / CMG-2


分子量: 19840.791 Da / 分子数: 14 / 断片: VWA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANTXR2 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21.DE3 Star / 参照: UniProt: P58335
#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 8000, sodium chloride, Tris, magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9186 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月15日 / 詳細: null
放射モノクロメーター: horizontally bent Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9186 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→20 Å / Num. all: 120016 / Num. obs: 120016 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.165 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 4.3→4.45 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 12124 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3.6 heptameric prepore model

解像度: 4.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33 5704 -random
Rwork0.322 ---
all0.3251 116356 --
obs0.325 113061 97.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数80528 0 42 0 80570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る