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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tzl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pyranose 2-Oxidase from the White-Rot Fungus Peniophora sp. | ||||||
![]() | pyranose oxidase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / GMC oxidoreductase / glucose-methanol-choline family / large inner cavity | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bannwarth, M. / Bastian, S. / Heckmann-Pohl, D. / Giffhorn, F. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of pyranose 2-oxidase from the white-rot fungus peniophora sp. 著者: Bannwarth, M. / Bastian, S. / Heckmann-Pohl, D. / Giffhorn, F. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 936.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 803.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Biological assembly is tetramer of chains (A,B,C and D) or (E,F,G and H) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 70032.930 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FAD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 6000, MES, tributyl phosphine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月14日 詳細: N2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator Dynamically bendable mirror | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.35→20 Å / Num. all: 228044 / Num. obs: 228044 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 3.99 / Observed criterion σ(I): 3.99 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.42 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.42 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique all: 35967 / Rsym value: 0.21 / % possible all: 94.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.96 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20 /
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