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- PDB-1tzf: X-ray Crystal Structure of alpha-D-glucose-1-phosphate cytidylylt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tzf
タイトルX-ray Crystal Structure of alpha-D-glucose-1-phosphate cytidylyltransferase from Salmonella typhi
要素Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / nucleotidyltransferase / mixed alpha/beta fold
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-1-phosphate cytidylyltransferase / glucose-1-phosphate cytidylyltransferase activity / O antigen biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase / : / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C5G / Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase / Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koropatkin, N.M. / Holden, H.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Molecular structure of alpha-D-glucose-1-phosphate cytidylyltransferase from Salmonella typhi
著者: Koropatkin, N.M. / Holden, H.M.
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7933
ポリマ－29,2041
非ポリマー5902
水2,918162
1
A: Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,75918
ポリマ－175,2226
非ポリマー3,53812
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area22980 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area58960 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)88.500, 88.500, 162.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-561-

HOH

詳細The biological unit is a hexamer, generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: ROTATION MATRIX: -0.50000 -0.86603 0.00000 0.86603 -0.50000 0.00001 -0.00001 0.00000 1.00000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.00043 0.00017 0.00008 ROTATION MATRIX: -0.50000 0.86602 0.00000 -0.86602 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.00046 0.00027 0.00009 ROTATION MATRIX: -1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00001 0.00000 0.00001 -1.00000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.00020 -0.00001 81.14987 ROTATION MATRIX: 0.50000 0.86602 0.00000 0.86602 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 -1.00000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.00082 0.00015 81.15000 ROTATION MATRIX: 0.50000 -0.86603 0.00000 -0.86603 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 -1.00000 TRANSLATION VECTOR IN AS 0.00045 0.00058 81.14999 These are the rotation and translation operations to be performed on the original monomer to generate the next five subunits of the complete hexamer 'P 63 2 2' 1 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 'P 63 2 2' 3 0 -1 0 1 -1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 'P 63 2 2' 5 -1 1 0 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 'P 63 2 2' 7 1 -1 0 0 -1 0 0 0 -1 0 0 0 0 0 0 'P 63 2 2' 9 -1 0 0 -1 1 0 0 0 -1 0 0 0 0 0 0 'P 63 2 2' 11 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 0 0 0 0 0 0 'P 63 2 2' 2 1 -1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 2 'P 63 2 2' 4 -1 0 0 0 -1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 2 'P 63 2 2' 6 0 1 0 -1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1 2 'P 63 2 2' 8 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 0 0 0 0 1 2 'P 63 2 2' 10 -1 1 0 0 1 0 0 0 -1 0 0 0 0 1 2 'P 63 2 2' 12 1 0 0 1 -1 0 0 0 -1 0 0 0 0 1 2

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要素

#1: タンパク質 Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase / E.C.2.7.7.33 / alpha-D-glucose-1-phosphate cytidylyltransferase / CDP-glucose pyrophosphorylase


分子量: 29203.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: complexed with cytidyl-5'-phosphate-glucosyl-6-phosphate
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
生物種: Salmonella enterica / 株: CT18 / 遺伝子: rfbF / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: UniProt: P26396, UniProt: Q8Z5I4*PLUS, glucose-1-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-C5G / [CYTIDINE-5'-PHOSPHATE]-BETA-GLUCOSYL-PHOSPHORIC ACID ESTER / CDP-グルコ-ス


分子量: 565.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H25N3O16P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 4000, Ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9641 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月29日
放射モノクロメーター: Double crystal Si-111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9641 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 22401 / Num. obs: 22358 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 65.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique all: 2163 / Rsym value: 0.176 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
TNT精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2238 5 %random
Rwork0.197 ---
all0.199 22358 --
obs0.199 22358 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1989 0 37 162 2188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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