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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tyt | ||||||
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タイトル | CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF CRITHIDIA FASCICULATA TRYPANOTHIONE REDUCTASE AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | TRYPANOTHIONE REDUCTASE, OXIDIZED FORM | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 trypanothione-disulfide reductase / trypanothione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / flavin adenine dinucleotide binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Crithidia fasciculata (真核生物) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Bailey, S. / Hunter, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994 タイトル: Structure of trypanothione reductase from Crithidia fasciculata at 2.6 A resolution; enzyme-NADP interactions at 2.8 A resolution. 著者: Bailey, S. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N. #1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1993 タイトル: Substrate Interactions between Trypanothione Reductase and N1-Glutathionyldisulphide at 2.8 Angstroms Resolution 著者: Bailey, S. / Smith, K. / Fairlamb, A.H. / Hunter, W.N. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992 タイトル: Active Site of Trypanothione Reductase: A Target for Rational Drug Design 著者: Hunter, W.N. / Bailey, S. / Habash, J. / Harrop, S.J. / Helliwell, J.R. / Aboagye-Kwarteng, T. / Smith, K. / Fairlamb, A.H. #3: ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 1992 タイトル: Molecular Characterization of the Trypanothione Reductase Gene from Crithidia Fasciculata and Trypanosoma Brucei: Comparison with Other Flavo Protein Disulphide Oxidoreductases with ...タイトル: Molecular Characterization of the Trypanothione Reductase Gene from Crithidia Fasciculata and Trypanosoma Brucei: Comparison with Other Flavo Protein Disulphide Oxidoreductases with Respect to Substrate Specificity and Catalytic Mechanism 著者: Aboagye-Kwarteng, T. / Smith, K. / Fairlamb, A.H. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Initiating a Crystallographic Study of Trypanothione Reductase 著者: Hunter, W.N. / Smith, K. / Derewenda, Z. / Harrop, S.J. / Habash, J. / Islam, M.S. / Helliwell, J.R. / Fairlamb, A.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tyt.cif.gz | 204.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tyt.ent.gz | 161.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tyt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1tyt_validation.pdf.gz | 944.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1tyt_full_validation.pdf.gz | 977.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1tyt_validation.xml.gz | 43.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1tyt_validation.cif.gz | 60.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tyt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 43 / 2: CIS PROLINE - PRO A 370 / 3: CIS PROLINE - PRO A 462 / 4: CIS PROLINE - PRO B 43 / 5: CIS PROLINE - PRO B 370 / 6: CIS PROLINE - PRO B 462 | ||||||||
詳細 | TRYPANOTHIONE REDUCTASE IS ACTIVE AS A DIMER OF TWO IDENTICAL SUBUNITS, WHICH HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS A AND B. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52862.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crithidia fasciculata (真核生物) / 参照: UniProt: P39040, EC: 1.6.4.8 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THERE IS ONE DISCREPANCY BETWEEN THE CRYSTAL STRUCTURE AND THE AMINO ACID SEQUENCE DEDUCED FROM THE ...THERE IS ONE DISCREPANC | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.09 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 39038 / % possible obs: 83.5 % |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→8 Å / Rfactor Rwork: 0.161 / Rfactor obs: 0.161 / σ(F): 1 | |||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | |||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 35000 / Rfactor obs: 0.161 / Rfactor Rwork: 0.161 | |||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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