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万見
- PDB-1tyr: TRANSTHYRETIN COMPLEX WITH RETINOIC ACID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tyr
タイトルTRANSTHYRETIN COMPLEX WITH RETINOIC ACID
要素TRANSTHYRETIN
キーワードRETINOL-BINDING / RETINOL-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport ...Defective visual phototransduction due to STRA6 loss of function / negative regulation of glomerular filtration / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / hormone binding / purine nucleobase metabolic process / molecular sequestering activity / Non-integrin membrane-ECM interactions / phototransduction, visible light / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / protein-containing complex / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family ...Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin, conserved site / Transthyretin signature 2. / Transthyretin, thyroxine binding site / Transthyretin signature 1. / Transthyretin / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain / Transthyretin/hydroxyisourate hydrolase domain superfamily / HIUase/Transthyretin family / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(9cis)-retinoic acid / Transthyretin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zanotti, G. / D'Acunto, M.R. / Malpeli, G. / Folli, C. / Berni, R.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the transthyretin--retinoic-acid complex
著者: Zanotti, G. / D'Acunto, M.R. / Malpeli, G. / Folli, C. / Berni, R.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Crystallographic Studies on Complexes between Retinoids and Plasma Retinol-Binding Protein
著者: Zanotti, G. / Marcello, M. / Malpeli, G. / Folli, C. / Sartori, G. / Berni, R.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Crystal Structure Determination at 2.3 Angstroms of Human Transthyretin-3',5'-Dibromo-2',4,4', 6-Tetra-Hydroxyaurone Complex
著者: Ciszak, E. / Cody, V. / Luft, J.R.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1992
タイトル: Mechanism of Molecular Recognition. Structural Aspects of 3,3'-Diiodo-L-Thyronine Binding to Human Serum Transthyretin
著者: Wojtczak, A. / Luft, J. / Cody, V.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1977
タイトル: Protein-DNA and Protein-Hormone Interactions in Prealbumin: A Model of the Thyroid Hormone Nuclear Receptor?
著者: Blake, C.C.F. / Oatley, S.J.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1974
タイトル: Structure of Human Plasma Prealbumin at 2.5 Angstroms Resolution, a Preliminary Report on the Polypeptide Chain Conformation, Quaternary Structure and Thyroxine Binding
著者: Blake, C.C.F. / Geisow, M.J. / Swan, I.D.A. / Rerat, C. / Rerat, B.
履歴
登録1995年5月12日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32016年11月9日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1564
ポリマ－27,5552
非ポリマー6012
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
2
A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子

A: TRANSTHYRETIN
B: TRANSTHYRETIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,3118
ポリマ－55,1094
非ポリマー1,2024
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.800, 86.220, 65.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-131-

9CR

詳細THE ENTIRE PROTEIN IS A TETRAMER, BUT THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A DIMER. THE TWO DIMERS ARE RELATED BY A TWO FODL AXIS, WHILST THE TWO INDEPENDENT MONOMERS IN THE DIMER ARE RELATED BY A PSEUDO TWO-FOLD AXIS. THE LIGAND IS BOUND IN THE INTERNAL CHANNEL, MADE UP BY THE TWO INDEPENDENT MONOMERS. A CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS RUNS THROUGH THE CHANNEL, MAKING IT SYMMETRIC. MOREOVER, PERPENDICULAR TO THE PREVIOUS ONE, THERE IS THE PSEUDO TWO-FOLD, WHICH MAKES THE TWO HALFS OF THE CHANNEL NEARLY IDENTICAL. AS A RESULT OF ALL THAT, TWO INDEPENDENT BINDING SITES ARE PRESENT PER TERAMER, BUT, SINCE THE LIGAND IN THIS CASE DOES NOT PRESENT ANY SYMMETRY, EACH LIGAND IN THE CRYSTAL APPEARS TO BE SUPERIMPOSED TO ITS SYMMETRY-RELATED. IN CONCLUSION, FOUR RETINOIC ACID BOUND MOLECULES ARE SEEN, EACH PAIRS SUPERIMPOSED. IN ADDITION, SOLUTION DATA STRONGLY SUGGEST THAT ONLY ONE LIGAND MOLECULE IS BOUND TO A TTR TETRAMER. IN CONCLUSION, THE COORDINATES OF TWO 9CR MOLECULES ARE GIVEN, WHICH APPLYING THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY, BECOMES FOUR, BUT ONLY ONE MUST BE CONSIDERED STATISTICALLY PRESENT IN THE TETRAMER.

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要素

#1: タンパク質 TRANSTHYRETIN / PREALBUMIN


分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物 ChemComp-9CR / (9cis)-retinoic acid


分子量: 300.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2 / コメント: 抗がん剤, 抗腫瘍剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.39 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12 Mammonium sulfate1reservoir
20.2 Msodium citrate1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年11月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SAINTデータ削減
精密化解像度: 1.8→9 Å / σ(F): 0
詳細: THE ENTRY CONTAINS RETINOIC ACID MOLECULES IN BOTH BINDING SITES. THE OCCUPANCIES OF SITES WERE NOT REFINED, SINCE THE ELECTRON DENSITY REFLECTS THE PRESENCE OF THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD ...詳細: THE ENTRY CONTAINS RETINOIC ACID MOLECULES IN BOTH BINDING SITES. THE OCCUPANCIES OF SITES WERE NOT REFINED, SINCE THE ELECTRON DENSITY REFLECTS THE PRESENCE OF THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS. IN THE FUNCTIONAL TETRAMER THE RETINOIC ACID MOLECULES ARE DISORDERED DUE TO THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD RUNNING THROUGH THE BINDING SITE. RESIDUES 1 - 9 OF BOTH CHAINS, AS WELL AS 126 - 127 OF CHAIN B, ARE ILL-DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY. THEY HAVE BEEN INCLUDED, BUT THE TEMPERATURE FACTORS ARE VERY HIGH.
Rfactor反射数%反射
obs0.196 20172 85 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1944 0 44 97 2085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.8
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.001
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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