PDB-1tyo: Isocitrate Dehydrogenase from the hyperthermophile Aeropyrum pern...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tyo

タイトル

Isocitrate Dehydrogenase from the hyperthermophile Aeropyrum pernix in complex with etheno-NADP

要素

isocitrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Enzyme-ethenoNADP complex

機能・相同性

機能・相同性情報

isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Karlstrom, M. / Stokke, R. / Steen, I.H. / Birkeland, N. / Ladenstein, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Isocitrate dehydrogenase from the hyperthermophile Aeropyrum pernix: X-ray structure analysis of a ternary enzyme-substrate complex and thermal stability
著者: Karlstrom, M. / Stokke, R. / Steen, I.H. / Birkeland, N.K. / Ladenstein, R.

履歴

登録	2004年7月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年5月23日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tyo.cif.gz	178 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tyo.ent.gz	140.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tyo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1tyo_validation.pdf.gz	877.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1tyo_full_validation.pdf.gz	894.5 KB	表示
XML形式データ	1tyo_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	1tyo_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tyo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/1tyo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xgvC 1xkdC 3icdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1v94-d 1xgv-d 2e5m-d 4pfj-d 3myh-d 3mjx-d 2dht-d 3myk-d 4ajb-1 5axa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: isocitrate dehydrogenase

B: isocitrate dehydrogenase

ヘテロ分子

96.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.007, 107.007, 179.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ILE	ILE	ARG	ARG	2	A	A	125 - 257	125 - 257
2	1	ILE	ILE	ARG	ARG	2	B	B	125 - 257	125 - 257
3	2	ILE	ILE	VAL	VAL	2	A	A	279 - 321	279 - 321
4	2	ILE	ILE	VAL	VAL	2	B	B	279 - 321	279 - 321
5	3	SER	SER	ALA	ALA	6	A	A	6 - 124	6 - 124
6	3	PRO	PRO	ALA	ALA	6	B	B	7 - 124	7 - 124
7	4	GLY	GLY	LEU	LEU	6	A	A	322 - 430	322 - 430
8	4	GLY	GLY	LEU	LEU	6	B	B	322 - 430	322 - 430

#1: タンパク質	isocitrate dehydrogenase 分子量: 47982.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3) / 参照: UniProt: Q9YE81, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-ENP / ETHENO-NADP タイプ: RNA linking / 分子量: 663.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₄N₅O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 6000, Magnesium chloride, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9089 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月24日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9089 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→40 Å / Num. all: 57561 / Num. obs: 57512 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 19 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.17 Å / R_merge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3ICD

3icd

解像度: 2.15→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 4.824 / SU ML: 0.128 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24936	2909	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2234	-	-	-
all	0.22579	57512	-	-
obs	0.22471	54556	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.573 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6607	0	32	201	6840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	6732
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.968	9152
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.839	5	849
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5132
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	3245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.24	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.423	1.5	4223
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.717	2	6788
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.527	3	2509
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.198	4.5	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
704	tight positional	0.06	0.05
732	medium positional	0.45	0.5
1653	loose positional	0.75	5
704	tight thermal	0.14	0.5
732	medium thermal	0.91	2
1653	loose thermal	1.88	10

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.244	226
R_work	0.23	3937

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9365	-0.0277	-0.1355	1.1992	-0.0325	1.3798	0.0683	-0.1514	0.0425	0.1589	0.0149	-0.1283	-0.114	0.1388	-0.0832	0.0997	-0.0305	0.0177	0.0361	-0.02	0.039	-38.3111	205.4165	-281.094
2	1.2514	-0.5423	-0.1041	1.1509	-0.2854	1.2992	-0.0465	0.0388	-0.1638	-0.0406	-0.0557	0.0292	0.1917	-0.0197	0.1022	0.0779	-0.0253	0.0438	0.0085	-0.0104	0.0703	-39.6153	182.2661	-298.3626
3	1.0593	-0.2688	-0.1134	0.9593	-0.5443	1.7649	0.0574	0.1113	0.0406	-0.0182	0.0063	0.1015	-0.1216	-0.1748	-0.0637	0.0651	0.0121	0.0381	0.0387	-0.0047	0.0446	-50.0474	207.7749	-295.4881
4	4.27	-0.8349	0.4507	2.4071	-0.4857	2.3806	0.1667	0.7754	-0.8857	-0.6785	-0.1625	-0.1746	0.6123	0.1969	-0.0042	0.5933	0.1066	0.046	0.2713	-0.2078	0.3439	-30.8735	168.5394	-332.1672
5	0.5917	-0.2361	-0.2632	1.2661	-0.7407	1.1629	-0.0327	0.0418	-0.0038	-0.1168	-0.1333	-0.2038	0.0439	0.1361	0.166	0.1044	0.0103	0.0478	0.0765	0.018	0.1063	-26.8661	190.1607	-313.3837
6	5.7894	-0.4278	1.7867	1.6489	-0.6136	2.5832	0.2663	0.5721	-0.2877	-0.5606	-0.1527	0.215	0.3796	-0.1521	-0.1136	0.4131	-0.0032	-0.0918	0.2361	-0.0618	0.1258	-44.9765	180.8572	-332.1744
7	0.3824	-0.1068	-0.33	0.3751	-0.0488	0.6384	0.0423	0.0293	-0.039	0.036	-0.0047	0.0117	0.0035	-0.0269	-0.0376	0.1568	-0.0104	0.03	0.1359	-0.0055	0.14	-43.2635	200.2189	-291.6468
8	0.1377	-0.1192	0.2082	0.7624	-0.5309	0.8737	-0.0432	0.0154	-0.07	-0.2147	0.0116	-0.0251	0.1023	-0.0191	0.0316	0.2322	0.0286	0.0322	0.1821	0.014	0.2086	-31.1421	186.3399	-316.2335
9	3.3268	9.76	-11.0962	-39.7725	-9.1177	1.3446	0.0302	-0.1915	-1.3493	0.2617	-0.181	-1.6324	1.4362	-0.4415	0.1507	0.1629	0	0.0012	0.166	-0.0009	0.167	-61.3733	197.9951	-278.9314

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 131	6 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	132 - 321	132 - 321
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	322 - 432	322 - 432
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	7 - 131	7 - 131
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	132 - 321	132 - 321
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	322 - 430	322 - 430
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	D	1002 - 1132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	E	439 - 502
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	C	1001

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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