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万見
- PDB-1tyg: Structure of the thiazole synthase/ThiS complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tyg
タイトルStructure of the thiazole synthase/ThiS complex
要素
  • Thiazole biosynthesis protein thiG
  • yjbS
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / alpha beta barrel / protein-protein complex / ThiS / ThiG
機能・相同性
機能・相同性情報


2-iminoacetate synthase complex / thiazole synthase / adenylyltransferase complex / thiazole synthase activity / thiazole biosynthetic process / sulfur carrier activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thiazole synthase / ThiS, thiamine-biosynthesis / Thiazole synthase ThiG / Thiazole biosynthesis protein ThiG / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) ...Thiazole synthase / ThiS, thiamine-biosynthesis / Thiazole synthase ThiG / Thiazole biosynthesis protein ThiG / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Sulfur carrier protein ThiS / Thiazole synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Settembre, E.C. / Dorrestein, P.C. / Zhai, H. / Chatterjee, A. / McLafferty, F.W. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Thiamin Biosynthesis in Bacillus subtilis: Structure of the Thiazole Synthase/Sulfur Carrier Protein Complex
著者: Settembre, E.C. / Dorrestein, P.C. / Zhai, H. / Chatterjee, A. / McLafferty, F.W. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2004年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: yjbS
A: Thiazole biosynthesis protein thiG
C: Thiazole biosynthesis protein thiG
G: yjbS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8466
ポリマ－73,6564
非ポリマー1902
水905
1
B: yjbS
A: Thiazole biosynthesis protein thiG
C: Thiazole biosynthesis protein thiG
G: yjbS
ヘテロ分子

B: yjbS
A: Thiazole biosynthesis protein thiG
C: Thiazole biosynthesis protein thiG
G: yjbS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,69312
ポリマ－147,3138
非ポリマー3804
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.654, 91.654, 401.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31A
41C
51A
61C
71A
81C
91A
101C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUALAALA2AB104 - 1432 - 41
21LEULEUALAALA2CC104 - 1432 - 41
32LEULEUSERSER6AB161 - 16459 - 62
42LEULEUSERSER6CC161 - 16459 - 62
53ILEILELEULEU6AB339 - 341237 - 239
63ILEILELEULEU6CC339 - 341237 - 239
74LYSLYSARGARG4AB165 - 33863 - 236
84LYSLYSARGARG4CC165 - 33863 - 236
95ILEILEGLNGLN6AB149 - 16047 - 58
105PHEPHEGLNGLN6CC150 - 16048 - 58

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要素

#1: タンパク質 yjbS


分子量: 10099.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31617
#2: タンパク質 Thiazole biosynthesis protein thiG


分子量: 26728.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: thiG,BSU11690 / プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O31618
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.15
詳細: 5% PEG 8K, 200 mM Sodium Chloride, 100 mM sodium phosphate pH 6.1, pH 7.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→15 Å / Num. all: 17866 / Num. obs: 17866 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 %
反射 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.15→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / SU B: 23.889 / SU ML: 0.428 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.534 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3046 1261 7.3 %RANDOM
Rwork0.24231 ---
all0.24231 17866 --
obs0.24691 15975 95.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.572 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.14 Å21.07 Å20 Å2
2--2.14 Å20 Å2
3----3.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4540 0 10 5 4555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0224610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0221.9916247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5555603
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.22364
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2940.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4931.53012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.92724816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60731598
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7414.51431
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
152tight positional0.070.05
1379medium positional0.430.5
114loose positional0.745
152tight thermal0.20.5
1379medium thermal0.912
114loose thermal2.0810
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.228 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.375 66
Rwork0.271 1018
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.79066.8954-3.20089.3717-6.83067.73730.5527-0.97810.87661.4122-0.15440.98390.1757-0.7212-0.39831.0929-0.46870.06220.29490.02620.4097-47.7597-7.26835.7806
22.33970.64430.4221.92132.05946.48340.4465-0.1363-0.11560.23980.3331-0.17270.18680.752-0.77950.4574-0.1029-0.03010.067-0.10710.2978-25.52054.492416.9759
34.4528-0.5941-0.33111.09380.56653.76120.4190.13340.4778-0.16960.6486-1.1545-0.52232.6883-1.06770.451-0.34330.20562.2127-0.95511.21669.760111.798712.2642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1BA1 - 6522 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2AB103 - 3441 - 242
3X-RAY DIFFRACTION2AE1400
4X-RAY DIFFRACTION3CC104 - 1432 - 41
5X-RAY DIFFRACTION3CF2400
6X-RAY DIFFRACTION3CC150 - 34548 - 243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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