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- PDB-1tyd: STRUCTURE OF TYROSYL-TRNA SYNTHETASE REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RES... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1tyd
タイトルSTRUCTURE OF TYROSYL-TRNA SYNTHETASE REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION. INTERACTION OF THE ENZYME WITH THE TYROSYL ADENYLATE INTERMEDIATE
要素TYROSYL-tRNA SYNTHETASE
キーワードAMINOACYL-TRNA SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / regulation of protein complex stability / tRNA binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine--tRNA ligase SYY-like C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type, type 1 / Tyrosine--tRNA ligase SYY-like C-terminal domain / Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / S4 RNA-binding domain profile. / S4 RNA-binding domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TYROSINE / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Brown, K.A. / De Meester, P. / Blow, D.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Structure of tyrosyl-tRNA synthetase refined at 2.3 A resolution. Interaction of the enzyme with the tyrosyl adenylate intermediate.
著者: Brick, P. / Bhat, T.N. / Blow, D.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystal Structure of a Deletion Mutant of a Tyrosyl-T/RNA Synthetase Complexed with Tyrosine
著者: Brick, P. / Blow, D.M.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Structure of a Mutant of Tyrosyl-tRNA Synthetase with Enhanced Catalytic Properties
著者: Brown, K.A. / Brick, P. / Blow, D.M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Internal Thermodynamics of Position 51 Mutants and Natural Variants of Tyrosyl-tRNA Synthetase
著者: Ho, C.K. / Fersht, A.R.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Natural Variation of Tyrosyl-tRNA Synthetase and Comparison with Engineered Mutants
著者: Jones, M.D. / Lowe, D.M. / Borgford, T. / Fersht, A.R.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1986
タイトル: Use of Binding Energy in Catalysis Analyzed by Mutagenesis of the Tyrosyl-tRNA Synthetase
著者: Wells, T.N.C. / Fersht, A.R.
#6: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1985
タイトル: Fine Structure-Activity Analysis of Mutations at Position 51 of Tyrosyl-tRNA Synthetase
著者: Fersht, A.R. / Wilkinson, A.J. / Carter, P. / Winter, G.
#7: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1984
タイトル: The Use of Double Mutants to Detect Structural Changes in the Active Site of the Tyrosyl-tRNA Synthetase (Bacillus Stearothermophilus)
著者: Carter, P.J. / Winter, G. / Wilkinson, A.J. / Fersht, A.R.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1984
タイトル: A Large Increase in Enzyme-Substrate Affinity by Protein Engineering
著者: Wilkinson, A.J. / Fersht, A.R. / Blow, D.M. / Carter, P. / Winter, G.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Interaction of Crystalline Tyrosol-T/RNA Synthetase with Adenosine, Adenosine Monophosphate, Adenosine Triphosphate and Pyrophosphate in the Presence of Tyrosinol
著者: Monteilhet, C. / Blow, D.M. / Brick, P.
#10: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Tyrosyl-T/RNA Synthetase Forms a Mononucleotide-Binding Fold
著者: Bhat, T.N. / Blow, D.M. / Brick, P. / Nyborg, J.
#11: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1982
タイトル: A Density-Modification Method for the Improvement of Poorly Resolved Protein Electron-Density Maps
著者: Bhat, T.N. / Blow, D.M.
#12: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Binding of Tyrosine, Adenosine Triphosphate and Analogues to Crystalline Tyrosyl Transfer RNA Synthetase
著者: Monteilhet, C. / Blow, D.M.
#13: ジャーナル: Proc.FEBS Meet. / 年: 1978
タイトル: Structure of Aminoacyl T/RNA Synthetases
著者: Blow, D.M. / Monteilhet, C. / Rubin, J.R.
#14: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 1977
タイトル: The Peptide Chain of Tyrosyl T/RNA Synthetase. No Evidence for a Super-Secondary Structure of Four Alpha-Helices
著者: Blow, D.M. / Irwin, M.J. / Nyborg, J.
#15: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1976
タイトル: The Crystal Structure of Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase at 2.7 Angstroms Resolution
著者: Irwin, M.J. / Nyborg, J. / Reid, B.R. / Blow, D.M.
#16: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1973
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies on Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase from Bacillus Stearothermophilus
著者: Reid, B.R. / Koch, G.L.E. / Boulanger, Y. / Hartley, B.S. / Blow, D.M.
履歴
登録1992年7月6日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TYROSYL-tRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4902
ポリマ－36,3091
非ポリマー1811
水2,936163
1
E: TYROSYL-tRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子

E: TYROSYL-tRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9814
ポリマ－72,6182
非ポリマー3622
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area26040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.460, 64.460, 237.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Atom site foot note1: MET 1 - SIDE CHAIN OMITTED. / 2: ASP 20 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 3: ARG 30 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 4: LYS 91 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 5: GLU 92 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 6: GLU 103 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 7: GLU 112 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 8: ILE 158 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 9: GLU 159 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 10: THR 160 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 11: ARG 214 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 12: LYS 230 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 13: LYS 233 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 14: GLU 235 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 15: SER 236 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 16: GLU 276 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 17: GLU 284 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 18: GLU 287 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 19: GLU 290 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 20: LYS 291 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 21: LYS 296 - SIDE CHAIN BEYOND CG OMITTED. / 22: GLU 310 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED. / 23: SER 319 - SIDE CHAIN BEYOND CB OMITTED.

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要素

#1: タンパク質 TYROSYL-tRNA SYNTHETASE


分子量: 36309.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
参照: UniProt: P00952, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.65 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. obs: 12254 / Rmerge(I) obs: 0.239

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 2.5 Å
詳細: THE 83 WATER MOLECULES WITH RESIDUE NUMBERS GREATER THAN 500 PROBABLY REPRESENT DISORDERED PROTEIN.
Rfactor反射数
obs0.223 18098
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2462 0 13 163 2638
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0120.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0320.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.751.75
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.782.25
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.712
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it42.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1120.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.260.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.515
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.223
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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