ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5 精密化 MOSFLMデータ削減 CCP4(SCALA)データスケーリング SOLVE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 多波長異常分散 / 解像度 : 2→20 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.913 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.903 / SU B : 5.173 / SU ML : 0.149 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.241 / ESU R Free : 0.196 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOODRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.28485 693 5 % RANDOM Rwork 0.25884 - - - all 0.26009 13288 - - obs 0.26009 13288 99.72 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 22.371 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -1.01 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -0.16 Å2 0 Å2 3- - - 1.18 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2→20 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1375 0 0 140 1515
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.012 0.021 1401 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.147 1.911 1890 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg4.188 3 171 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg17.493 15 252 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.08 0.2 219 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.02 1028 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.292 0.3 623 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.172 0.5 174 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.317 0.3 40 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.226 0.5 8 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it0.874 1.5 871 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.511 2 1413 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.417 3 530 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.739 4.5 477
LS精密化 シェル 解像度 : 2→2.051 Å / Total num. of bins used : 20 / Rfactor 反射数 Rfree 0.248 47 Rwork 0.264 940
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 3.4119 1.578 0.203 2.4406 -0.5656 1.397 -0.0636 -0.0344 0.0904 -0.0499 0.0929 0.1097 0.0717 -0.0644 -0.0293 0.1015 0.0045 -0.0239 0.0703 0.021 0.046 31.0651 3.3444 9.777 2 4.8656 1.7927 -1.0267 4.3834 -1.6601 3.7973 0.0035 -0.3428 -0.2676 0.0658 -0.3306 -0.6679 -0.0379 0.1991 0.3271 0.0341 -0.011 -0.0486 0.078 0.0736 0.1141 48.8858 3.7898 16.6422 3 3.4861 0.4611 0.3783 1.4136 -1.0705 1.1733 0.0812 -0.0347 -0.0099 -0.0142 -0.0584 0.0181 0.0662 -0.0529 -0.0228 0.1407 -0.0163 -0.0201 0.0847 -0.0219 0.0909 38.2659 3.3215 12.1433
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 100 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 98 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A105 - 190 4 X-RAY DIFFRACTION 3 B105 - 158