PDB-1txy: E. coli PriB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1txy

タイトル

E. coli PriB

要素

Primosomal replication protein n

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / OB fold / dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

pre-primosome complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / replication fork processing / DNA replication initiation / response to radiation / single-stranded DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Keck, J.L. / Lopper, M. / Holton, J.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of PriB, a component of the Escherichia coli replication restart primosome
著者: Lopper, M. / Holton, J.M. / Keck, J.L.

履歴

登録	2004年7月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1txy.cif.gz	50.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1txy.ent.gz	36.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1txy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1txy_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1txy_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	1txy_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	1txy_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/1txy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/1txy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6w6t-d 6pjm-d 6ops-d 5wqv-d 4hla-d 6dgz-d 2qi6-d 6pji-d 5vna-2 4dqe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Primosomal replication protein n

B: Primosomal replication protein n

23.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.902, 60.294, 66.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Primosomal replication protein n 分子量: 11599.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: PRIB, B4201 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07013
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.0200, 0.9798, 0.9797

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月10日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.02	1
2	0.9798	1
3	0.9797	1

反射

解像度: 2→34 Å / Num. all: 16070 / Num. obs: 16070 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

解像度: 2→2.1 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.913 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 5.173 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28485	693	5 %	RANDOM
R_work	0.25884	-	-	-
all	0.26009	13288	-	-
obs	0.26009	13288	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.371 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1375	0	0	140	1515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.147	1.911	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.188	3	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.493	15	252
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.292	0.3	623
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.5	174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.317	0.3	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.226	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.874	1.5	871
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.511	2	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.417	3	530
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.739	4.5	477

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.248	47
R_work	0.264	940

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4119	1.578	0.203	2.4406	-0.5656	1.397	-0.0636	-0.0344	0.0904	-0.0499	0.0929	0.1097	0.0717	-0.0644	-0.0293	0.1015	0.0045	-0.0239	0.0703	0.021	0.046	31.0651	3.3444	9.777
2	4.8656	1.7927	-1.0267	4.3834	-1.6601	3.7973	0.0035	-0.3428	-0.2676	0.0658	-0.3306	-0.6679	-0.0379	0.1991	0.3271	0.0341	-0.011	-0.0486	0.078	0.0736	0.1141	48.8858	3.7898	16.6422
3	3.4861	0.4611	0.3783	1.4136	-1.0705	1.1733	0.0812	-0.0347	-0.0099	-0.0142	-0.0584	0.0181	0.0662	-0.0529	-0.0228	0.1407	-0.0163	-0.0201	0.0847	-0.0219	0.0909	38.2659	3.3215	12.1433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	105 - 190
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	105 - 158

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)