PDB-1tx2: Dihydropteroate Synthetase, With Bound Inhibitor MANIC, From Baci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1tx2

タイトル

Dihydropteroate Synthetase, With Bound Inhibitor MANIC, From Bacillus anthracis

要素

DHPS, Dihydropteroate synthase

キーワード

TRANSFERASE / anthracis / folate biosynthesis / dihydropteroate / pterine / MANIC

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Babaoglu, K. / Qi, J. / Lee, R.E. / White, S.W.

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of 7,8-Dihydropteroate Synthase from Bacillus anthracis; Mechanism and Novel Inhibitor Design.
著者: Babaoglu, K. / Qi, J. / Lee, R.E. / White, S.W.

履歴

登録	2004年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1tx2.cif.gz	127.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1tx2.ent.gz	98.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1tx2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/1tx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tx/1tx2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1twsSC 1twwC 1twzC 1tx0C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nl1-1 3bba-d 3ckn-1 3h2o-1 2h2u-d 6sq2-d 3h2m-1 5z43-d 5dmn-d 2or2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DHPS, Dihydropteroate synthase

B: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

67.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

A: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
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3

A: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

A: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

B: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

B: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
134 kDa, 4 ポリマー
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4

B: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

B: DHPS, Dihydropteroate synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
67.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.387, 98.387, 263.235
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-692- HOH

詳細

The biological dimer is generated by the two fold axis: x,y,z

#1: タンパク質	DHPS, Dihydropteroate synthase 分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: str. A2012 / 遺伝子: folp / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q81VW8, dihydropteroate synthase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-680 / 6-METHYLAMINO-5-NITROISOCYTOSINE 分子量: 185.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₇N₅O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: lithium sulfate, tris, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→81.7 Å / Num. all: 63046 / Num. obs: 63046 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.1 % / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 1.83→1.88 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 63046 / R_sym value: 0.273 / % possible all: 68.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1TWS

1tws

解像度: 1.83→81.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.475 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT USED THROUGHOUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20878	3220	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18249	-	-	-
all	0.18382	59753	-	-
obs	0.18382	59753	93.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.723 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.69 Å²	1.34 Å²	0 Å²
2-	-	2.69 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→81.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4109	0	76	399	4584

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	4236
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.788	1.985	5716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.922	3	9079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.971	5	525
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.259	0.2	4559
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	313
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.458	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.23	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.107	1.5	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.004	2	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.376	3	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.285	4.5	1496

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.878 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.282	166
R_work	0.249	3169
obs	-	3335

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8468	0.0952	0.4013	0.4749	0.179	1.266	0.0026	-0.0792	-0.0334	0.0179	-0.0232	-0.0538	0.0545	0.1756	0.0206	0.1955	0.1152	0.0012	0.1578	0.0392	0.1887	-79.056	80.8133	91.7911
2	0.5805	0.1566	0.0119	0.9067	-0.0666	1.0867	-0.0357	0.0559	0.0534	-0.1341	-0.0413	-0.0176	-0.1971	0.0858	0.0769	0.1843	0.0489	-0.0196	0.2047	0.0355	0.1771	-68.4518	61.3375	138.7453
3	-0.0285	-0.0842	0.2539	0.2025	-0.6524	0.9398	0.0091	-0.003	0.0397	-0.0121	-0.0753	-0.0461	-0.0749	0.1397	0.0662	0.1133	0.1055	-0.0076	0.1037	0.0177	0.1124	-74.5461	71.1187	114.2869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 274
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	503 - 713
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	502 - 689
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	401 - 409
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	402 - 410

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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