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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tws | ||||||
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タイトル | Dihydropteroate Synthetase From Bacillus anthracis | ||||||
![]() | DHPS, Dihydropteroate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / anthracis / folate biosynthesis / dihydropteroate / pterine | ||||||
機能・相同性 | ![]() dihydropteroate synthase / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Babaoglu, K. / Qi, J. / Lee, R.E. / White, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of 7,8-Dihydropteroate Synthase from Bacillus anthracis; Mechanism and Novel Inhibitor Design. 著者: Babaoglu, K. / Qi, J. / Lee, R.E. / White, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 127.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 480.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological dimer is generated by the two fold axis: X,Y,Z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32883.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: Lithium Sulfate, Tris, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月7日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 47517 / Num. obs: 47517 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 26.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 47517 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 68.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1AD1 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.878 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): 0 / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS REFINEMENT WAS USED THROUGHOUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.936 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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