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- PDB-1twn: Crystal structures of ferrous and ferrous-NO forms of verdoheme i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1twn
タイトルCrystal structures of ferrous and ferrous-NO forms of verdoheme in a complex with human heme oxygenase-1: catalytic implications for heme cleavage
要素Heme oxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / heme oxygenase-1 / heme degredation
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of HMOX1 expression and activity / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxygenase (biliverdin-producing) / smooth muscle hyperplasia / heme oxidation / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis ...Regulation of HMOX1 expression and activity / low-density lipoprotein particle clearance / cellular response to cisplatin / heme oxygenase (biliverdin-producing) / smooth muscle hyperplasia / heme oxidation / negative regulation of leukocyte migration / heme oxygenase (decyclizing) activity / wound healing involved in inflammatory response / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / heme catabolic process / cellular response to arsenic-containing substance / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / endothelial cell proliferation / erythrocyte homeostasis / negative regulation of ferroptosis / Heme degradation / epithelial cell apoptotic process / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of macroautophagy / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of macroautophagy / regulation of angiogenesis / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of chemokine production / cellular response to cadmium ion / response to nicotine / Iron uptake and transport / macroautophagy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Heme signaling / response to hydrogen peroxide / Cytoprotection by HMOX1 / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / cellular response to heat / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial outer membrane / response to oxidative stress / intracellular signal transduction / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / structural molecule activity / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON-OCTAETHYLPORPHYRIN / Heme oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lad, L. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structures of ferrous and ferrous-NO forms of verdoheme in a complex with human heme oxygenase-1: catalytic implications for heme cleavage.
著者: Lad, L. / Ortiz de Montellano, P.R. / Poulos, T.L.
履歴
登録2004年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年3月10日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8924
ポリマ－53,7972
非ポリマー1,0952
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.607, 54.562, 71.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 1 / HO-1


分子量: 26898.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMOX1, HO1, HO / プラスミド: pCWORI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): dh5alpha
参照: UniProt: P09601, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-VER / IRON-OCTAETHYLPORPHYRIN / VERDOHEME


分子量: 547.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H27FeN4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 23 %
結晶化温度: 301 K / 手法: small tubes / pH: 8
詳細: NH4SO4, Hepes, NaCl, pH 8.0, SMALL TUBES, temperature 301K

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データ収集

回折平均測定温度: 119 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 25444 / Num. obs: 24350 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2224 / Rsym value: 0.041 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1qq8

1qq8
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.2→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2.2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.1964 25444 --
obs0.2381 24350 99.1 %-
Rfree-1287 -random
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3490 0 74 251 3815
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d1.1
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3011 115 -
Rwork0.2555 --
obs--9.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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